地黄属(Rehmannia Libosch. ex Fisch. et Mey.)隶属于玄参科(Scrophulariaceae),包括六个物种,分别是地黄(R. glutinosa)、天目地黄(R. chingii)、茄叶地黄(R. solanifolia)、裂叶地黄(R. piasezkii)、高地黄(R. elata)以及湖北地黄(R. henryi)。目前为止,关于地黄属物种群体结构与进化历史的分析相对较少,大多研究都集中在中药物种—地黄的药用成分和功效方面。随着测序成本降低以及生物信息学技术的发展,在非模式植物中开发单拷贝核基因分子标记的可行性增高。本研究根据植物中已经确定的单拷贝或低拷贝核基因与地黄的转录组数据进行比对,开发适合于地黄属物种的单拷贝核基因标记。以地黄属六个物种自然分布区采集的22个居群217个个体作为研究对象,对该属植物的群体遗传以及系统发育关系进行探究。主要的分析结果如下：(1)从地黄转录组数据中挑出11153条序列中进行比对,筛选出258条候选的序列进行引物设计,最后开发出11对具有序列多态性的单拷贝核基因标记用于推断地黄属物种的遗传结构以及群体历史；(2)由于地黄-茄叶地黄以及裂叶地黄-高地黄之间不存在序列变异,因此将这两组物种归在一起进行分析。地黄属物种都具有较低水平的核苷酸多样性,与其它几个物种相比,裂叶地黄的核苷酸多样性水平相对较高。大多数核基因位点都符合中性分子进化模型,在个别位点上发现有正显著的Tajima’s D和Fu and Li’s F*值,表明植物群体可能经历了瓶颈效应。进一步检验发现所有11个位点都不受选择作用；(3)遗传分化分析表明地黄属物种间存在显著的遗传差异,种间遗传变异大于种内遗传变异。Structure结果表明,地黄属物种分为三组是最可能聚类的结果,构建的基因树与物种树结果一致,裂叶地黄处于最基部位置,地黄单独形成一支,湖北地黄和天目地黄聚在一支上形成姐妹类群。基于之前对地黄-茄叶地黄以及裂叶地黄-高地黄的各种研究分析,可以考虑将这两组物种进行合并；(4)地黄属植物的分化形成时间大约是在第三纪末第四纪初期,属内物种均在更新世期间分化而成,其物种形成模型可能表现为近期快速的辐射状分化。更新世期间发生的地质事件以及气候剧烈震荡对地黄属物种分布格局的形成以及进化历史有着相当大的影响。