我国刑事诉讼中的补充侦查制度有其存在的必要性,对事实不清、证据不足的案件及时地退回补充侦查,对于准确、及时地查明犯罪、惩罚犯罪分子、保证无罪的人不受刑事追究具有积极的意义。在司法实践中,补充侦查措施的运行存在很多问题,这些问题严重影响审查起诉的效率,妨碍了诉讼活动的顺利进行,侵犯了当事人的合法权利。本文在对实践中适用补充侦查的情形进行总结的基础上,深入剖析实践中补充侦查存在的问题,并探讨存在问题的成因,试图为方家寻找解决问题的途径提供素材。本文共分五个部分:第一部分:在对法的价值进行简要分析的基础上,提出补充侦查的概念,并确定本文探讨补充侦查的范围,即审查起诉阶段的补充侦查和法庭审理阶段的补充侦查。第二部分:梳理实践中适用补充侦查的主要情形。除了法定的事实不清、证据不足和发现漏罪、漏犯需要补充侦查外,实务中存在司法机关利用补充侦查措施以达到其它目的的现象。第三部分:分析补充侦查中存在的问题。补查率过高;补查质量不高、退而不查的现象比较严重;经补查后证据不足的案件多数最终却被判有罪;办案机关滥用退回补充侦查权导致超期羁押,规避了无罪判决,致使许多案件无法及时终结,侵犯了当事人的合法权利,损害了诉讼的价值。第四部分:探讨补充侦查问题存在的成因。我国传统文化追求实体正义的观念和国家追求客观真实的哲学理念,迫使办案机关动用各种手段查清“犯罪真相”;检警关系不顺致使公安机关侦查终结的案件质量经常不能满足检察机关起诉的需要,案件退查又达不到预期的效果;缺少统一的证据规则、检察机关不合理考评机制的压力迫使控方对证据要求苛刻;法院地位不中立,漠视、纵容、鼓励甚至促使上述现象发生;我国缺少辩诉交易机制使证据单薄的案件不能得到恰当地处理;被追诉人及其辩护人权利不足以对抗办案机关强势地位,难以控制和监督控方单方频繁地滥用退查措施。第五部分:对补充侦查的成因做总结基础上,提出解决问题的设想。