计算机模拟研究分子间相互作用和分子行为已经被证明是一种强而有力的手段。新型药物运输系统的开发是当前医药领域研究的热点话题。而弄清细胞膜中的跨膜蛋白对药物—载体复合体进入细胞内有着怎样的影响是一个基础问题。本文我们应用粗粒化分子动力学模拟了G4 PAMAM树枝形大分子与KALP多肽在不同pH溶液中的相互作用。我们发现KALP多肽在两种pH环境下对树枝形分子的大小、形状及密度分布影响不大,树枝形分子内部有一定的空间容纳KALP多肽分子。自由能的计算结果表明在酸性和中性环境中两种分子都不容易形成稳定的复合结构。　　神经退行性疾病与错误折叠蛋白的组建及沉积形成淀粉样纤维有关,探索聚集物动力学和纤维的形成途径吸引了相当多的实验和计算方面研究者的关注。淀粉样蛋白斑是所谓构象性疾病的一个典型特征,例如阿尔兹海默症或其他海绵状组织脑病。本文我们应用粗粒化分子动力学模拟了G4 PAMAM树枝形大分子与Amyloid fibril在不同pH溶液中的相互作用。我们发现Amyloid fibril在两种pH条件下,随着两分子间的质心距改变,对树枝形分子的大小、形状影响甚大。自由能计算结果表明在酸性条件下不容易形成稳定的复合体,在中性条件下,两分子之间可以形成复合体结构。