在市场竞争日益加剧的形势下，企业的持续经营能力潜在的不确定性不断增加，导致企业运用持续经营假设的合理性受到了挑战。同时，不同的企业所处的行业不同，其持续经营不确定性也会存在着差异，而注册会计师审计是基于财务报表的审计，注册会计师未能及时察觉被审计单位的持续经营问题而出具了不恰当的审计意见，就会导致审计风险的增加。因此，对持续经营假设运用的合理性给出合理评价并出具恰当的审计意见，有助于降低审计风险，为注册会计师审计提供有价值的辅助决策信息。由于财务特征能够综合反映企业各方面的信息，因此，本文将财务特征作为研究持续经营不确定性的主要方面。将财务特征的含义拓展为财务比率本身、财务比率的变化趋势和财务比率的行业标准化率。首先，从理论上分析了持续经营不确定性的财务特征及其行业差异与审计意见的关系。重点分析了房地产业、制造业和信息技术业的持续经营不确定性的财务特征及其对审计意见的影响。然后，选择2003年-2010年沪深两市A股上市公司为样本，通过描述性统计、非参数检验及逻辑回归分析，建立了持续经营审计意见模型，并分别建立了房地产业、信息技术业和制造业的持续经营不确定性对审计意见影响的模型。研究发现，本文所选财务变量中，资产负债率变化率、总资产净利率变化率、财务杠杆变化率、流动比率行业标准化率和经营杠杆的行业标准化率对持续经营审计意见具有显著影响；被审计单位所处行业不同，持续经营不确定性存在显著差异。最后，提出了加强事务所行业专门化和对关键性财务比率分析等建议。