结直肠癌中miRNA-183相关生物信息学分析

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背景:结直肠癌是全世界最常见的恶性肿瘤之一。近年来研究显示,微小RNA(mi RNA/mi R)在肿瘤的发生发展过程中起到了重要作用。据报道,miR-183在多种肿瘤中出现失调,但其在结直肠癌中的研究较少,具体作用机制尚未得到充分阐明。目的:通过多个数据库对miR-183在结直肠癌中的表达水平进行比较,并利用生物信息学分析,探讨其潜在的生物学功能。方法:下载并分析国际肿瘤基因图谱(TCGA)中结直肠癌差异表达的miRNA,分析目前研究较少的miR-183的表达情况,并利用基因表达汇编(GEO)公共数据库进行验证。接着预测了miR-183的靶基因,并通过对其进行基因本体论(GO)分析和京都基因及基因组百科全书(KEGG)通路分析,探讨mi R-183在结直肠癌中的生物学功能,再利用交互基因检索工具(STRING)将预测基因/蛋白间的互作关系进行可视化,筛出miR-183可能调节的关键基因。结果:TCGA数据库显示结肠腺癌(COAD)中有107个上调和473个下调的miRNA,直肠腺癌(READ)中有110个上调和319个下调的miRNA。其中,mi R-183在结直肠癌中的表达显著高于正常组织,GEO数据库亦证实了miR-183的高表达与结直肠癌密切相关。进一步分析显示,结直肠癌中高表达的miR-183可能通过调节下游基因PIK3CA、PRKACB和CCNB1参与结直肠癌的发生发展。结论:MiR-183表达在CRC组织中显著升高,其可能通过调控PIK3CA、CCNB1和PRKACB的转录后水平,影响CRC发生发展中的重要生物学过程,部分揭示了miR-183高表达在CRC中的作用。本研究方法可以有效地识别可能的下游信号,但还需进一步实验验证。
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