绩效审计在国外已经有几十年的历史，已经成为许多国家政府审计的焦点和主要的工作内容。近年来，政府绩效审计在我国也已经开始萌芽，深圳、上海等地相继开展了很多绩效审计项目。当今，医疗问题尤其是农民弱势群体的就医问题已经成为全社会关注的热点问题，如何提高农村医疗卫生资金的使用效率就成为一个关键的问题。　　 本文首先通过相关数据分析发现目前我国农村医疗卫生资金的投入不足、产出效率不高、效果不明显、与城市医疗资源差距较大，对其开展以经济性、效率性、效果性评价为主的绩效审计势在必行，而目前阻碍我国农村医疗卫生资金绩效审计开展的重要障碍之一就是没有合适的评价指标。这也正是本文研究的重点。　　 笔者在借鉴国内外相关绩效审计评价指标的基础上，依据指标设计的相关理论、方法和原则，尝试从经济性、效率性、效果性三个方面建立了农村医疗卫生资金绩效审计的评价指标。　　 经济性方面，主要是从资金筹集、使用、管理三个方面来设计指标，既考虑了投入的节省程度，又涉及了资金分配合理性以及管理制度的健全、有效性；效率性方面，主要从资金投入效率和投入产出效率两个方面来设计指标。前者主要是从资金拨付过程的效率、结构效率两个方面考虑，后者主要从人力资源利用效率和物力资源利用效率两个方面考虑；效果性方面，主要是从经济效果和社会效果两个方面来设计指标。经济效果突出了农村医疗卫生资源状况改善的程度以及农民医疗负担的减轻程度；社会性效果则是从服务水平、可持续发展能力、公平程度、保障水平、健康水平、满意程度等六个方面来综合考虑农村医疗资金的使用效果。　　 此外，笔者在借鉴国外先进绩效评价理论和实践的基础上，对我国农村医疗卫生资金绩效评价标准选取的相关问题也进行了一些探讨。