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小家鼠(Mus musculus)属哺乳纲(Mammalia)啮齿目(Rodentia)、鼠科(Muridae)、小家鼠属(Mus),是全球分布的人类共栖种。小家鼠的实验室衍生品系作为重要的模式物种,被广泛应用于生物学和生物医学研究的各个领域。小家鼠和人类关系密切,其生物地理模式与遗传分化模式可能与人类的迁徙、贸易联系、文化交流、移民活动、古农业的发展等直接相关。中国疆域辽阔,地形复杂,全境都有小家鼠分布,但中国小家鼠群体遗传多样性,尤其是Y染色体遗传多样性缺乏系统研究。本工作首次以Y染色体上的Sry基因系统探究中国小家鼠父系遗传的生物地理分布及遗传进化格局。通过采集15个省23个地区的212个雄性小家鼠个体,并进行基因组DNA提取,Sry基因片段PCR进行扩增和序列测定,使用分子处理软件分析碱基组成、定义单倍型,进行多样性分析并利用单倍型构建NetWork网络图和贝叶斯系统发育树,从而系统地研究Sry基因的特点和父系遗传结构特征。结果显示扩增的Sry基因片段平均长856 bp,基因碱基的平均含量分别为:A27.5%;T 30.7%;G 22.5%;C 19.3%,AT含量58.2%,存在明显的AT偏好。该片段有73个多态位点,简约信息位点22个,基因多样性较低。核苷酸多样性(nucleotide diversity)平均为0.00356,各种群的核苷酸多样性值从0.00096(周口)到0.00657(南宁)。总的单倍型多样性hd(haplotype diversity)为0.729,9个种群hd值从0.249(上海)到0.833(南宁)之间。利用DAMBE软件共定义了28个单倍型,其中S1和S2为主频单倍型,16个地区的117个样品拥有S1单倍型,12个地区62个样品拥有S2单倍型,S1和S2单倍型分别占比50.5%和29.7%,其余26个单倍型只占19.8%。我们通过对各地区和组成单倍型序列的碱基组成进行对比,发现不同个体之间、不同单倍型之间碱基差异较小,并且遗传距离也较小。根据单倍型分析和核苷酸多样性分析确定Sry基因虽存在一定遗传多样性,但同时具有较高的保守性。通过构建单倍型网络关系图可知S1和S2位为中心单倍型,其它单倍型以S1和S2为中心发散分布。利用单倍型序列构建系统发育树表明中国境内小家鼠Sry没有明显支系,这与母系遗传的线粒体系统发育树分为2个支系不同,揭示父系遗传的Sry基因保守、进化缓慢、突变率较低,在近缘物种间分歧不大。本工作为我们进一步全面深入研究中国小家鼠的父系遗传特征及Sry基因演化特征奠定了基础。