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该研究首先以脐血CD34<+>细胞诱生的树突状细胞(DC)和肝癌/癌旁(HCC/liver)组织为研究模型比较成功的构建了DC细胞PCR cDNA文库和肝癌/癌旁组织经典cDNA文库,并进行大规模5EST序列测定.两种方法构建的cDNA文库都具有较高的滴度(>1×l0<7>pfu/ml)和重组效率(>90﹪)及较长的平均插入片段长度(>1.5 kb).此外,5EST聚类结果(即Cluster数目)也反映出了两种文库都具有一定的代表性.两种文库的差别体现在经典文库的库容量和插入片段稍大,而PCR文库的标本用量少且全长比例也稍高.共测定5EST序列47,000多条,这些EST序列已经全部释至GenBank.然后,我们又以肝癌/癌旁(HCC/liver)组织为模型对自制的12.4K尼龙膜cDNAmicroarray进行了重复性及可靠性实验研究,质量评估结果显示我们自制的尼龙膜cDNA microarray具有较好的重现性(reproducibility),对于同一标本的重复检测相关系数已达到0.92-0.93,说明这项技术所获得的结果可以被接受的.此外,为整合以上两种方法所产生的结果,我们还建立了一套转录组生物信息学分析的完整策略.当这些技术和策略被应用于DC细胞分化和肝癌发生研究时,我们获得了一批有意义的结果.在DC分化研究方面:7,650条EST序列整合为3,641个簇(clusters),其中的1,455簇(4,919条序列)代表了已知基因.据此,我们首先得到了一张比较系统的DC细胞免疫生物学功能分子目录,从中可以清晰地发现DC细胞的趋化特性、抗原摄取能力、抗原的加工、递呈以及信号传递等生物学功能实现的分子基础.其次,在该文库中我们还克隆了53个全长cDNA,包括8个具有信号肽结构,其中之一已被证实具有分泌蛋白活性,2个具有典型的四穿膜结构域的CD20超家族成员和一个七穿膜G蛋白藕联受体等.另外,在与DC的源头脐血CD34<+>造血干/祖细胞的基因表达谱比对研究中发现,Ras-MAPK信号通路以及对细胞内Ca<2+>信号依赖性比较强的其它信号通路可能共同参与了DC分化的过程,而细胞骨架相关分子的明显改变似乎与DC细胞的状态和分化行为也有密切关系;在肝癌发生研究方面:通过整合来自肝癌/癌旁组织代表11,065基因簇(clusters)的5ESTs序列、自制的和商业化肿瘤相关cDNA微阵列杂交所得数据,首先我们获得了肝癌/癌旁组织的基因表达目录,比较分析共获得2,253基因/ESTs作为肝癌/癌旁组织差异表达的候选基因/ESTs,然后,我们还从中挑选一批与肿瘤发生和肝细胞功能/分化相关的基因/ESTs用半定量反转录PCR在29对肝癌/癌旁组织中进行了验证.