鹤庆野鼠型鼠疫疫源地犬中噬菌体的分离鉴定、生物学特性及基因组研究

来源 :大理大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:heirenmading
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目的调查云南鹤庆野鼠鼠疫疫源地鼠疫指示动物-犬中携带鼠疫噬菌体情况,并对分离到的噬菌体进行纯化增殖,研究其一般生物学及基因组特性,为探究鼠疫噬菌体与鼠疫相互作用、鼠疫菌的保存机制及微生态作用提供基础,进而阐明鼠疫噬菌体在鼠疫传染病流行传播中的机制及作用。方法采用双层琼脂平板法分离纯化噬菌体,并肉眼观察噬菌体斑状态,所获得的鼠疫噬菌体,点滴法测定其效价,HT770电镜下观察其形态;经典方法测定最佳感染复数及一步生长曲线;单平板直接滴加法测定裂解特性,并用双层琼脂平板法复核;按照?噬菌体基因组DNA提取试剂盒操作说明提取噬菌体的DNA;利用NCBI、MEGA6等软件进行全基因生物学特征分析,用CGView软件制作噬菌体的基因组成圈图。结果1.从云南鹤庆新发野鼠鼠疫疫源地指示动物中华田园犬肛拭子标本81份标本中分离获得6株鼠疫噬菌体,命名为:HQG8、HQG12、HQG17、HQG27、HQG29及HQG41。2.透射电镜下观察代表鼠疫噬菌体株HQG8、HQG17及HQG27的形态,三株鼠疫噬菌体均呈典型的蝌蚪形态,由二十面体结构的头部、中间环状颈圈及长长的可收缩尾鞘构成。头部直径为50nm至70nm,尾部长为140nm至160nm。HQG8、HQG27、HQG29和HQG41四株噬菌体形成噬斑大小较均匀,圆形状,较清晰,边缘整齐,无晕环,为典型裂解性噬菌体噬斑特征。3.HQG8、HQG27和HQG29对20株鼠疫菌几乎均在22℃时表现出不裂解,在28℃及37℃时表现出裂解。HQG12和HQG17对20株鼠疫菌表现出在22℃及28℃裂解,在37℃不裂解。HQG41则对20株鼠疫菌在22℃、28℃及37℃三个温度下表现出均裂解。HQG8、HQG27、HQG41在22℃、28℃及37℃下对福氏2a志贺菌表现出裂解特性,HQG8及HQG27在28℃及37℃下对福氏X变种志贺菌表现出裂解特性,HQG41在28℃及37℃下均裂解福氏志贺1a型菌株,在37℃时也对福氏X变种表现出裂解性。HQG12和HQG17在22℃、28℃及37℃均对5株粘质沙雷菌临床分离株(6、24、26、36和38)呈现裂解性。HQG8在37℃下对索氏志贺菌株和鲍氏志贺菌株及大肠埃希菌标准株ATCC25922均表现出裂解性,对本次实验其他菌属没有表现出裂解性。HQG27在22℃下对索氏志贺菌株及在37℃下对大肠埃希菌标准株ATCC35218表现出裂解,对本次实验其他菌属不裂解。HQG41在37℃下裂解宋内I型菌株及大肠埃希菌标准株ATCC25922,对其他菌属不裂解。在28℃下,HQG29裂解福氏2a型及福氏X变种菌株,对其他菌属不裂解。HQG17在三个温度下均裂解假结核耶尔森氏菌I型、II型及III型菌株和伤寒沙门菌株,在22℃和37℃下裂解大肠埃希菌标准株ATCC25922,对其他菌属不裂解。HQG12在22℃和28℃下裂解小肠结肠炎耶尔森菌标准株ATCC52301,在22℃下裂解大肠埃希菌标准株ATCC35218及伤寒沙门菌株,不裂解本次实验其他菌属。4.代表噬菌体HQG8的最佳感染复数MOI为0.1,潜伏期为40min,裂解期约140min,180min后生长进入稳定期。5.六株噬菌体的基因组大小范围在32kb至283kb之间,注释的基因总长度在28kb至283kb之间,GC含量在45.50%至52.26%之间。HQG8、HQG27、HQG29三株鼠疫噬菌体均与福氏志贺杆菌C32基因覆盖100%基因的99.98%有同源性,与大肠杆菌其他种属有高度同源性。HQG41噬菌体与禽流感沙门氏菌株SA20061017基因覆盖80%基因的97.14%有同源性。HQG27与HQG41全基因比对后,两株鼠疫噬菌体覆盖74%基因序列有95.98%的同源性。将分离的鼠疫噬菌体与NCBI库中已公布的14株噬菌体参考序列比较,HQG29与噬菌体L-413C在同一簇上,亲缘关系较近;HQG8与噬菌体Ypsp-G亲缘关系较近;HQG27与ypf噬菌体亲缘关系较近;HQG41与Yep-Phi在同一簇上,亲缘关系较近。HQG17很可能是沙雷氏菌属噬菌体,HQG8和HQG27为志贺菌携带的前噬菌体,HQG29为一株新的鼠疫视噬菌体。结论本研究首次证实在鹤庆县新发野鼠鼠疫疫源地指示动物犬中存在一定数量的噬菌体,它们的发现为鼠疫保存机制及微生态提供了研究基础,对如何解读鼠疫噬菌体与宿主菌互作提供参考理论依据。
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