从20世纪70年代基因治疗登上人类历史舞台开始，基因治疗技术发展迅猛，在短短三十多年间已经取得了巨大成就。基因治疗给遗传性疾病患者带来了获得健康的新希望，对人类的生存和发展具有重大意义。但是，基因治疗的发展是利弊同行的，它带来益处的同时，也使人类社会中出现了一些难以避免的伦理问题。本文集中讨论了基因治疗中存在的技术发展与患者安全的利益冲突、治疗机会不平等的利益冲突和经济效益与后代权利的利益冲突。在分析方法上，以利益为主线，从本质上把握道德困境形成的原因，然后依据伦理学理论原则对利益冲突进行伦理论证，最终达到理论指导实践、实践检验理论的目的。本文依据在基因治疗领域发生利益冲突的利益主体之间的关系特点，选择功利主义作为论证的理论基础，提出进行伦理学论证的三个基本原则：人的基本需要的满足、人的自主权的保障和人的生命价值及人格尊严受到尊重。基因治疗中存在的技术发展与患者安全的利益冲突、治疗机会不平等的利益冲突和经济效益与后代权利的利益冲突的伦理论证都以上述三个基本原则为基础，根据不同境遇进行相关理论形式的变化，然后对各种利益冲突进行伦理学分析与矛盾的调和。最后，反思具体情景中功利主义理论应用的合理性，从而检验这种伦理学理论是否适合于对行为进行规范。功利主义原则在基因治疗领域的应用是有一定合理性的，它基本上能够调和其中的矛盾，将不同利益主体间的利益分歧控制在一个比较安全的范围内。但是，任何伦理学理论体系都具有局限性，目前还没有普适的原则，在不同领域、不同境遇中所获得的结论大多都是尝试性的。