扣税制度是增值税的核心内容和最基本特征，也是增值税克服传统全值型流转税各种弊端的基本前提，它的运行状况如何是决定增值税改革成败的最关键因素。 1994年的税改中，在扣税制度上我国完全放弃了账薄法而全面引进西方国家的发票法，把增值税专用发票摆在增值税的计算和管理的决定性位置，并确定了“以票管税、网络比对、税源监控、综合管理”的增值税管理基本思路。但随着时间的推移，中国的经济形势、社会环境和税收环境都发生了很大的变化，由于税制本身和征管上的原因，还有社会环境的因素，我国增值税在运行中出现了不少问题，有的甚至相当严重。与世界上其他国家比较起来，我国的增值税发票扣税制度面临着更大的挑战，承受着更大的的压力，需要我们进一步加强研究，采取措施，完善税制，以使增值税更好地发挥好其优势，确保财政收入的组织，促进经济发展。 本文认为，我国增值税管理中存在的问题，其根源之一就是在设计扣税制度时没有从增值税内在需要出发，造成了扣税制度的扭曲、断裂，进而影响增值税的良性运行。 文章中，首先客观地分析了我国增值税发票扣税制度存在的问题，一是与我国的文化土壤的适应问题。二是现行税制对其产生的扭曲和断裂问题。三是自身先天缺陷引发的我国增值税征管的最大难题——“体外循环”问题。四是具体征管上存在的问题。总之，存在的问题，极大地危害到了增值税的中性税收特征，抵消了增值税的优点，危及税制的良性运转，对增值税制产生根本性的危害。 在分析了完善发票扣税制度的可行性后，阐述了四方面的完善准则，即必须尊重增值税内存要求，必须充分体现增值税的税收中性原则，必须保证征扣税范围的完整性、扣税口径的一致性和征扣税环节的连贯性，必须引入科学信息技术来保证扣税制度的落实。 按照上述准则，文章从五个方面提出了完善建议，一是税制转型，逐步建立全面型消费型增值税，实行单一税率且运用计算机进行交叉管理，确保发票扣税制度的正常运转。二是联系实际，通盘考虑，与税制转型相结合适时扩大增值税征税范围，延伸增值税扣税链条。三是紧密结合增值税的内存要求，对现行增值税计征制度进行具体调整，从而建立起更为统一、规范、严密的扣税制度。特别是在扣税凭证上要实行“一票一率”，即一张增值税专用发票、一个基本税率。四是完善和加强征收管理，确保扣税制度的运行质量。改进扣税机制，从发票法和帐簿法的结合中寻找增值税扣税制度的次优方法。探讨在全国范围内建立一个更为高效、简便、节约、集约的统一综合的涉税数据服务处理平台取代现有的防伪税控系统。五是在税收管理中将整个社会的生产经营抽象为“物流"和“资金流”，以“资金流”为“抓手”，通过对“资金流”的掌控实现对企业生产经营进而对扣税过程的全面监控。 总之，增值税发票扣税制度的最终完善目标是要建立一个符合增值税内在要求的，完整、严密并贯通始终的征扣税内控机制，促进增值税制的规范运行。