新型农村合作医疗是中央为了解决农民的医疗保障问题而设立的医疗保险制度。作为社会保障制度的重要组成部分，新农合理应兼顾公平与效率。筹资公平性是新农合制度公平性的重要组成部分。筹资公平包括水平公平与垂直公平，其中垂直公平指应该考虑不同人群的经济承受能力，使其实际支付额与支付能力成正比，也即经济承受能力强的人群应当多支付医疗卫生费用。筹资的垂直公平性即为本论文对新农合公平性考察的内容。新农合的效率性包括社会效率以及自身效率两方面。本论文主要对新农合基金的运行效率进行研究。　　本文利用卡瓦尼（Kakwani）指数法对全国以及东部、中部、西部三个地区的新农合筹资公平性进行了测算，利用数据包络分析法（DEA）对我国东部地区的新农合基金运行效率进行了测算。通过对计算结果进行比较分析之后，本论文得出以下结论：首先，总体上全国的新农合筹资是累退的，且筹资公平性呈现恶化趋势。分区域看，东部地区的筹资是累进的，中西部地区筹资是累退的，西部地区累退程度较中部地区严重。其次，总体而言，东部地区在新农合资金的运行上具备较好的效率性，在所研究年份的平均相对技术效率值约为85％，且效率值在波动中上升，每年约三分之一的DMU是相对有效率的，整个东部地区低效率的主要原因是纯技术效率较低，具体各省份效率的高低随各省市经济的发达程度不同而有差异。为使我国新农合制度健康持续发展，本文从促进新农合的公平性、效率性方面给出了相关建议，具体的建议内容涉及到筹资、补偿以及其他方面，包括加强基层医疗机构建设，创新筹资方式，强化政府责任，合理调整筹资结构，建立动态的筹资调整机制，探索多元化的筹资渠道，合理制定起付线、共付比例以及封顶线，加大门诊补偿力度，优化创新新农合基金管理办法，加强对基层医疗机构的建设和监督管理等。