热激转录因子(HSF)是生物体内调节热激反应应答的主要的转录因子。被子植物的两种模式生物水稻和拟南芥的基因组全序列已经测序完成，这些序列数据提供了极有价值的进行比较基因组分析的资源。对这两个物种中的热激转录因子转录因子家族进化关系的分析，对研究这一基因家族中各成员的功能有着重要的意义。我们鉴定了22个拟南芥和25个水稻(Orysa sativa japonica cultivar Nipponbare)的热激转录因子基因，并在此基础上作了进化分析。我们在进化树的基础上把这57个转录因子分成三大类和六个同源基因组，推测了在热激转录因子基因的进化过程中的基因缺失和复制事件。通过对进化树的分析，得出一组可能的双子叶植物特异性的热激转录因子基因。 碱性亮氨酸拉链(bZIP)转录因子是一个真核生物中特有的基因家族。这个家族成员众多，在病原防御，光以及压力信号传导，种子成熟，花发育等生物过程中发挥重要作用。然而，对这一家族在植物中成员的研究还比较少。近年来，对模式生物拟南芥，水稻和杨树全基因组测序工作的完成和基因组注释信息的逐步完善，为进行全基因组分析提供了可能，同时也为在植物两大进化分支单子叶，双子叶植物之间进行比较基因组分析提供了富有价值的数据资源。在本研究中，通过数据库搜索和序列分子，分别在拟南芥，水稻和杨树中鉴定出74、89和88个bZIP家族成员。此外，对三个物种中bZIP家族成员的基因结构，系统进化关系，染色体分布，保守基序等进行了综合生物信息学分析。基于系统进化关系，将植物bZIP家族成员归为10大类。此外，对水稻和杨树bZIP转录因子的二聚化特性进行了全面预测分析，有利于揭示bZIP转录因子转录调节机制。我们还对基因家族进化过程中的基因复制事件进行研究，结果表明，染色体区段复制在植物bZIP家族基因扩增过程中可能发挥关键作用。此外，表达数据分析表明，bZIP家族在植物体中存在广泛表达。这些结果为研究基因家族进化提供有用线索，也为植物bZIP家族后续功能研究打下坚实基础。