十八届三中全会提出农村集体经营性建设用地进行入市改革,实现集体土地与国有土地“同权、同市、同价”的目标。在经过系统研究和长期探索实践后,集体经营性建设用地入市终于成为农村土地改革的趋势和方向。在集体经营性建设用地入市交易中,流转收益的分配是集体建设用地产权制度改革的核心问题,切实关涉到集体经济组织和广大农民的财产权益,也深切影响到地方政府土地财政的平衡和地区发展。由于现有的法律制度还无法为集体经营性建设用地提供良好的制度供给,实践中存在着公权力过度干预收益分配以及因农村土地产权界定不清而导致的收益分配混乱,集体经济组织内部收益分配机制和监督机制不完善等问题。由于没有统一的土地交易市场,各地试点地区关于集体建设用地流转价格的确定、收益的形成和收益分配都存在较大的差异。本文采用文献研究法、比较研究法以及跨学科的研究方法,以集体经营性建设用地入市流转为基础,分析流转过程中形成的收益如何在相关利益主体之间进行合理分配。通过对收益分配的理论分析以及试点地区相关规定的介绍和总结,探讨收益主体的认定以及分配机制的设计,理顺政府、集体经济组织、农民和土地使用者之间的利益关系,分析收益分配中存在的矛盾和问题,并籍由产权制度的确认以及农民集体成员权的认定来实现集体建设用地收益分配的科学设计。本文除前言和结论外,共分为四个部分:第一部分首先对集体经营性建设用地收益分配的相关概念进行界定,分析有关收益分配的理论基础,为下文收益分配方案的设计提供合理的依据。关于政府是否能够参与收益分配,本文认为根据“涨价归公”的理论,土地流转增值收益形成是由于基础设施的完善、周边环境的提升以及社会经济的发展等因素造成;另外土地的直接入市导致政府通过征收出让土地的收入大大减少,对地方财政造成了一定程度的影响从而可能导致公共服务水平的下降,因此资金的缺口也应当通过合理的途径进行补偿,从而保证地方政府公共服务职能的顺利履行。在我国政府获取土地增值收益具有合理性,但由于政府不是集体土地的所有人,不能直接分享入市流转收益,而应当通过税收等间接方式进行获取。第二部分从收益分配主体出发,对集体经营性建设用地现有试点的流转模式和收益分配相关规定进行梳理;第三部分总结归纳现行地方政策和实践中存在的收益分配不合理的问题。主要围绕对相关收益分配主体在获取收益的过程中存在的政府收益者和管理者身份合一,集体经济组织产权混乱以及农民集体成员权界定模糊,土地使用者的权益得不到有效保障等迫切需要解决的问题进行分析和方案解决。由于集体经营性建设用地入市流转的配套设施缺乏,具体操作规范各地区也不统一,在这个过程中政府和基层干部等都存在着权利寻租的现象,侵占农民土地权益的情形。第四部分提出优化设计具体的入市收益分配方案的制度构想。探究影响集体经营性建设用地权益价值实现和制约土地流转收益无法合理分配的深层次原因,完善集体土地所有权主体制度,构建所有权的行使机制,才能更好的保障农民集体成员对入市土地收益的分享。理顺各收益分配主体的利益关系,从土地税收制度、集体土地产权制度、市场交易环节的合理配置以及集体经济组织内部结构框架的设置等多个方面进行完善,构建完整的收益分配机制,从而真正保障农民的权益,提高农民财产性收入,促进城乡土地市场一体化发展,推动农村土地改革的进程。