杂种优势是指具有遗传差异的两个亲本进行杂交,杂交子代在生长、繁殖及抵抗能力等性状表现都优于亲本的现象。利用杂种优势可大幅度提高动物生产性能、生理机能、免疫力等;提高植物产量、品质、増强抗逆性等。因此对于现阶段杂种优势的进一步研究,成为亟待解决的问题。骡是揭示杂种优势父母本基因表达差异的理想模型之一,本研究利用马骡和驴骡的膀胱、脑、心、肾、肺、肌肉、睾丸、肝、淋巴和脾,共20个组织的转录组数据分析其基因表达特征及功能。研究主要结果如下:1.通过序列比对分析发现,骡的序列偏向于比对到母本基因组上;总比对率显示,驴基因组(D)相较于马基因组(H)更具比对优势。对骡表达的转录本数目进行分析,其母本表达的特异性转录本数目居多;驴骡和马骡共表达的转录本中,发现来自D的数目比H多,即D相较于H呈现出表达优势。结果说明,母本基因组的序列和转录本与形成杂种优势极其相关。2.基因功能富集分析发现,马骡特异性表达的基因主要参与神经调节相关的生物学过程,而驴骡特异性表达基因主要参与免疫应答和线粒体氧化供能相关通路。通过对甲基化酶相关基因进行分析,发现相较于H,D可能对骡甲基化酶的形成更加重要。3.通过对等位基因表达的数目进行统计,发现骡更倾向于表达母本基因组的等位基因。在驴骡和马骡共表达,且存在ref/alt的比对偏向性的等位基因,来自于D个数比H多,即D相较于H具有表达优势。功能富集发现,马为母本时其基因参与遗传物质的调控,马为父本时其基因参与免疫和肌肉形成,即H在马骡和驴骡中功能和作用存在显著差异。结果说明,母本基因组表达的等位基因对形成杂种优势可能有重要作用。4.驴骡参与融合的基因,其功能与肌蛋白、纤维和免疫相关,马骡参与融合的基因,其功能与产能和横纹肌的形成相关,驴骡和马骡发生融合的基因存在显著差异。5.骡的肝脏和驴骡的脾脏,在序列比对、基因表达、等位基因表达和发生融合的基因都与其它组织存在显著差异。