本文从总体到局部地研究了我国高校R&D资源配置的具体情况。论文首先对2006-2012年高校R&D整体的投入产出数据进行了描述性统计分析，同时将高校、企业及研发机构的R&D活动进行了对比分析；然后，论文利用2012年《高等学校科技统计资料汇编》数据，分析了高校R&D人力及财力资源配置的地区差异；最后运用DEA模型评价了我国各地区高校R&D投入产出效率。研究结果表明：2006-2012年，我国高校R&D投入、产出呈逐年增加趋势，但是高校整体投入明显低于企业及研发机构；高校R&D人力及财力资源配置存在明显的地区分布不均衡现象，主要集中在北部和东部沿海城市；我国各地区高校R&D资源配置效率较低，资源浪费严重，且各地区高校R&D资源配置效率差异明显。据此，本文在提高资源配置效率、优化资源配置结构方面提出了相应的建议。