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由柑橘褪绿矮缩病毒（Citrus chlorotic dwarf-associated virus,CCDaV）引起的柑橘褪绿矮缩病是一种重要的病毒性病害。该病主要通过嫁接和苗木传播,可侵染大部分柑橘品种。自上世纪90年代中期在土耳其东地中海区域首次发现柑橘褪绿矮缩病以来,目前在泰国也有该病的发生报道。虽然前期研究显示,CCDaV仅在中国云南瑞丽的尤力克柠檬（Citrus limon）上零星发生。但是由于近年来中国与世界柑橘生产国之间的柑橘苗木交流频繁,柑橘病毒随苗木传播的风险加大,对我国柑橘产业健康发展带来了潜在威胁,因此有必要加强对柑橘褪绿矮缩病的监控。目前柑橘病毒鉴定的常用方法有指示植物鉴定法、血清学法、聚合酶链式反应技术等,但这些传统检测方法难以对未知病毒进行鉴定。近年来发展出的高通量测序技术（Next generation sequencing,NGS）能克服传统检测方法的弊端,能快速、灵敏地鉴定已知病毒和新病毒。前期我们在田间调查中,发现广西省南宁市隆安县出现疑似病毒病症状的红宝石柚（C.grandis）样品,病株叶片表现出严重卷曲、畸形、黄化和“V”形缺口等症状,感病红宝石柚植株矮化、果实变小,给当地柑橘产业带来了巨大的经济损失。为了对该病的防控提供理论依据,本研究利用高通量测序技术和生物学鉴定的方法明确了引起红宝石柚发病的病毒种类,进而对其在中国的发生分布和分子特性进行研究,掌握了该病原在中国柑橘种植省份的地理分布和遗传演化。同时,原核表达CCDaV外壳蛋白的保守序列,制备单克隆抗体,为建立田间快速检测方法奠定基础。主要研究结果如下:1)明确了引起红宝石柚发病的病原。本研究对从广西省南宁市隆安县采集的红宝石柚样品进行了柑橘叶斑驳病毒（Citrus leaf blotch virus,CLBV）、柑橘鳞皮病毒（Citrus psorosis virus,CPs V）、温州蜜柑矮缩病毒（Satsuma dwarf virus,SDV）、柑橘碎叶病毒（Citrus tatter leaf virus,CTLV）、柑橘衰退病毒（Citrus tristeza virus,CTV）、柑橘黄化脉明病毒（Citrus yellow vein clearing virus,CYVCV）、柑橘裂皮类病毒（Citrus exocortis viroid,CEVd）这7种常见柑橘病毒类病毒的RT-PCR检测,结果均为阴性。进而提取显症红宝石柚样品的总RNA进行RNA-seq分析,结果表明,在转录组数据库中仅比对到CCDaV 1种植物病毒。PCR验证证实,该毒株为CCDaV,其与之前已经报道的12株CCDaV分离株基因组结构一致,核苷酸相似性为99.5%-99.6%,将其嫁接至三红蜜柚（C.grandis）和红宝石柚3个月后嫰叶表现出“V”形缺口、畸形、反卷和黄化等症状。由此明确CCDaV是引起红宝石柚叶片卷曲、畸形、黄化和植株矮化的主要病因。2)掌握了CCDaV在中国的地理分布和遗传演化。本研究于2017年至2019年间,从中国11个柑橘主要生产省份的145个果园中采集了1 772份柑橘样品并同时在果园中观察样品的症状。通过PCR检测发现,一共有134份样品检测到CCDaV,其中73份阳性样品来自云南（共检测了704份样品）,60份阳性样品来自广西（共检测了195份样品）,1份阳性样品来自广东（共检测了136份样品）。此外,采自四川的196份样品、湖南的140份样品、江西的146份样品、重庆的127份样品、福建的54份样品、浙江的40份样品,湖北的18份样品和贵州的16份样品中都未检测到CCDaV。在被调查的柑橘品种中,发病率最高的品种是红宝石柚,为50.8%（61/120）,其次依次是泰国青柚（C.grandis）（6/25）,尤力克柠檬（57/274）,墨西哥莱檬（C.aurantifolia）（5/25）,塔希提莱檬（C.aurantifolia）（4/22）和三红蜜柚（1/31）。在269份甜橙、1份酸橙、266份杂柑,169份宽皮柑橘、2份枳、3份野生柑橘和19份金柑样品中均没有检测到CCDaV。此外,CCDaV在红宝石柚、泰国青柚和三红蜜柚新梢上产生的症状较其在尤力克柠檬上更为严重,除产生典型的“V”型叶,叶片扭曲、畸形,黄化外,CCDaV在上述3种柚类品种上还能产生严重的脉明症状。根据地理来源和品种随机选取17个CCDaV分离株与Gen Bank数据库中已知的15个CCDaV分离株进行全序列分析,结果显示这32个CCDaV分离株基因组结构一致,核苷酸相似性为98.98%-99.97%。系统进化树分析表明,32个CCDaV分离株被划分成了4个不同的类群,根据地理来源,中国和土耳其的CCDaV分离株属于不同的类群,泰国的Tha30分离株与来自土耳其的CCDaV分离株聚为一簇,属于第一组;泰国的Tha1-17和Tha1-19分离株与中国的红宝石柚,泰国青柚,三红蜜柚的CCDaV分离株聚为一簇,属于第二组;云南省瑞丽市的YN-EL-9和YN-EL-19分离株聚为一簇,属于第三组;云南省瑞丽市的其余CCDaV分离株聚为一簇,属于第四组。3)制备了CCDaV单克隆抗体。为填补CCDaV在血清学方面研究的空白,进而为建立田间快速检测方法奠定基础,本研究以CCDaV外壳蛋白基因的保守结构域为靶标制备了单克隆抗体,并测定了抗体的效价和特异性。结果显示,CCDaV单克隆抗体的灵敏度高,特异性较好,可对田间样品进行检测。