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Agouti基因除了对黑色素的形成具有调控作用外，其与机体的能量代谢调控也密切相关。山羊是重要的农业经济动物，研究和探讨不同毛色山羊不同内脏器官Agouti基因mRNA及其编码蛋白的差异表达特征，可以为进行转录调控等基因上游水平研究和对其表观遗传学及蛋白质组学深入探索提供理论基础，同时在山羊分子遗传育种方面也具有重要意义。本研究利用实时荧光定量PCR技术（RT-qPCR）验证了白色、棕色和黑色三种毛色山羊不同内脏器官（心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏）中Agouti基因mRNA表达水平的差异。试验采用2-△△Ct方法分别从不同毛色山羊相同内脏器官、相同毛色山羊不同内脏器官Agouti基因mRNA表达量和山羊不同内脏器官Agouti基因mRNA总相对表达量三个水平进行了检测。在以白色山羊为对照的不同毛色山羊相同内脏器官角度进行比较时，白色山羊五个内脏Agouti基因mRNA表达量均最高，其次是棕色山羊，黑色山羊表达量最低，且白色山羊和黑色山羊表达量差异极显著（P<0.01），这一特征突出表现在肝脏。在以肺脏为对照的相同毛色山羊不同内脏器官角度作对比时，白色和棕色山羊的五个内脏中，肝脏表达水平最高，而黑色山羊肾脏的表达量最高。在进行山羊不同脏器mRNA总相对表达量比较时，以肺脏为对照，肝脏中的mRNA总相对表达水平最高，肺脏表达水平最低。结果表明，不同毛色山羊不同内脏器官中Agouti基因mRNA表达水平均存在差异。为了进一步在蛋白水平对山羊Agouti基因表达量进行分析，本研究利用蛋白免疫印迹技术（Western blotting）对不同毛色山羊不同内脏器官Agouti信号蛋白（ASIP）表达水平进行了检测。ASIP在山羊五个内脏中均表达，且分子量大小约为40kDa。不同毛色山羊相同脏器和相同毛色山羊不同脏器ASIP蛋白表达水平均不同。不同毛色山羊相同内脏器官ASIP表达量的基本趋势是白色山羊>棕色山羊>黑色山羊，此方面的对比与对应的mRNA表达水平基本一致。三种毛色山羊不同内脏器官的比较，棕色和黑色山羊肾脏ASIP表达量最高，而白山羊则是心脏中的表达量最大，肾脏中ASIP表达量位居其次。不同毛色山羊不同脏器Agouti基因mRNA及其编码蛋白ASIP的表达水平并不呈逐一对应的关系，导致这一现象的原因可能与转录调控、蛋白质翻译调控和翻译后修饰以及蛋白互作等有关，也可能与不同内脏器官本身的功能和作用相关等等。