羧肽酶A失活机理的晶体学研究

来源 :中国协和医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ysminnpu
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卤代烃与金属配位的研究一直是近来金属有机化学比较活跃的领域,Mobashery于94年将这一研究拓展到生物方面。本文研究的不可逆抑制剂就是这一研究在酶学方面的应用。由于相当一部分蛋白水解酶的活性中心都含有过渡态金属离子,并且一些生理上重要的酶(如血管紧张素转化酶,Angiotension Converting enzyme,ACE;基质金属蛋白酶,Matrix Metalloproteinases,MMPs)的活性部位都含有zn2+,因此研究CPA的失活机理对于这些酶的抑制剂设计具有重要的借鉴意义。 本文主要采用X-射线衍射研究不可逆抑制剂2-苄基-3-碘丙酸与羧肽酶A(Carboxypeptidase A)的作用机理。 根据文献方法合成抑制剂。抑制剂与CPA的复合物晶体生长首先尝试了浸泡法,抑制剂的浓度分别为1.0mM和2.8mM,两种晶体的数据收集是在MacScience DIP-2000型面探测仪上进行的,晶体结构的确定采用差值付立叶技术。结果发现在此浸泡条件下抑制剂与CPA并没有结合(活性部位附近没有抑制剂的密度表现)。为此采用蒸汽扩散法(共晶法)生长抑制剂与CPA的复合物晶体,在本文的实验条件下得到了两种不同空间群的复合物晶体:P21和P212121。两种晶体的数据收集也是在MacScience DIP-2000型面探测仪上进行的。它们的晶胞参数分别为a=74.5(?),b=60.6(?),c=65.6(?),β=98.1°(单斜,分辨率为2.04(?));a=48.8(?),b=66.8(?),c=96.0(?)(正交,分辨率为2.5(?))。这两种晶体的结构解析均采用分子置换法(CCP4中的AMoRe程序),结构修正采用x-plor程序。结构修正后的R因子分别为0.163(单斜)和0.152(正交)。对应的标准键长、键角均方差分别为0.016(?)、2.967°和0.018(?)、3.288°。结构修正过程中单斜复合物内加入293个水分子,正交复合物内加入95个水分子。同天然CPA相比,两种复合物内的CPA构象没有大的变化。 在两种复合物内,构型为S的抑制剂优先与CPA结合。本文研究的不可逆抑制剂和CPA结合与其他CPA复合物有共同的特点:苄基占据CPA的疏水部位;抑制剂羧基与Tyr248、Arg145形成氢键。同其他复合物相比,除了CPA的Glu270残基被修饰外,最大的
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