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随着深度测序技术的发展，涌现出许多新的软件和工具，它们应用在发现新的microRNA（miRNA）以及对于miRNA表达谱的分析。在这篇论文中，我们对于相关的八款软件，基于它们的公共特点和主要算法做了评估。三组不同的深度测序数据来自于不同的物种，并且用它们来评估计算时间，探测到已知miRNA的敏感性和准确性，以及预测新的miRNA的能力，我们的这项研究为科研人员提供了一个有用的信息，便于选择一个更好的工具来解决实际问题，比如：对于深度测序数据，选择一个适当的软件来发现新的miRNA或者分析miRNA的表达谱。研究方法是选取了线虫，鸡和人的三套深度测序数据。运行平台是使用X8664bits的Ubuntu8.04.4版本。敏感性的公式是Sensitivity （Sen）=TP/（TP+FN）。准确性的公式Accuracy （Acc）=TP/（TP+FP+FN）。线虫，鸡和人的序列DAN序列和基因注释来自UCSC Genome Browser。使用mfold对于新的miRNA进行二级结构的预测。使用对于三套深度测序数据集，运行时间上miRExpress和mireap所用的时间较短，而miRDeep和MIReNA所有的时间较长。预测已知miRNA的能力从两方面分析：一个是敏感性，另一方面是准确性。敏感性方面，miRExpress和DSAP在预测线虫数据集时，达到最高值，miRExpress，DSAP和mirTools在预测鸡数据集时，达到最高值，miRanalyzer在预测人数据集时达到最高值。敏感性方面，miRDeep在预测线虫时，表现最好，mirTools在预测鸡时，表现最好，而在预测人时，miRExpress则表现最好。对于三个物种，miRDeep, mireap和MIReNA所预测出的已知miRNAs的文氏图：在预测线虫方面，它们有较高的重叠交叉，而在预测鸡和人方面，它们有较低的重叠交叉。这三套软件在预测线虫方面，得出的结果比较聚集，而在预测人方面，得出的结果比较分散。在预测新的miRNA方面，如果它是线虫，首选是MIReNA，接下来可以选择mireap或miRDeep，如果是脊椎动物，首选是mireap，接下来可以选择miRDeep或miRTRAP，如果是哺乳动物，首选是MIReNA，接下来可以选择miRDeep或mirTools。对于miRNA的深度测序的数据分析，选择一款“合适”的软件是至关重要的，在选择软件之前，一定要确定物种的基因注释是否存在，在这八款软件中，miRExpress可以用于任何物种，但是mfold和RNALogo必须用在新的miRNA的发现。DSAP可以用于比较miRNA基因组。合适的软件的选择还要基于输入和输出文件的要求。