随着我国高等教育体制改革的不断深入,调整高校内部治理结构,解决高校发展中的权力分配与制衡问题,成为学术界的一个研究热点。治理结构可视为达成治理状态的手段,用以协调组织决策层、执行层、监督层及利益相关者的关系,确保组织的社会公信力,确保组织的健康发展与长期成功。高校内部治理要素主要包括治理主体、治理客体、治理手段和机制。从本质上讲,高校内部治理结构是一种高校内部的制度安排,是一种契约关系,是一种有效的运行机制。本文首先对高校内部治理的理论基础进行了分析,认为高校内部治理的理论基础包括法人治理理论、委托---代理理论、利益相关者理论以及资源依赖理论。法人治理理论适合研究高校的非营利性法人特点;委托---代理理论适合剖析高校组织高层管理人员和所有者的关系;利益相关者理论适用于高校组织利益相关者对高校组织治理的参与及治理机制对各利益相关者的协调和平衡;资源依赖理论则适用于说明高校组织属于显著的资源依赖型组织,为了汲取资源,高校需要有比企业更为严格的治理结构。在此基础上,本文考察了我国高校内部治理结构的现状,认为高校内部治理结构存在行政权力与学术权力的矛盾、高校的其他利益相关者的约束力问题、高校存在的代理人问题以及高校内部制衡和激励等主要问题。通过对国外高校内部治理结构的考察和借鉴,认为高校的内部治理结构应与时俱进,相关利益主体应共同参与公立高校的管理;要在符合我国国情的基础上,科学构建高校的内部治理结构,推动高校的管理改革。基于对高校内部治理结构现状的考察,本文对高校内部治理结构进行了理论上的探讨,认为高校内部治理结构的重点在于理顺权力关系,如行政权力与学术权力的分离、权力重心的适度下移以及权力适当分散等;双向委托---代理关系实现较高收益均衡点的可能性增大,会大大提高高校治理的效率和效益;实现高校内部治理结构效率的基本分析出发点应该是分析内部治理结构的主体维度;应着重解决政校不分、政资不分的问题,使政府更好地履行所有者的职责,实现国有高等教育资产的保值增值,使高校构建起科学的高校法人治理结构,成为真正意义上的自主办学实体。最后,本文提出了高校内部治理结构的优化策略,认为构建学院一级参与型的治理模式,强化高校联合决策机制,构建教授治学的分权组织模式和科学的高校法人治理结构是优化高校内部治理结构的主要方面。