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近年来,随着人类活动范围增大以及过度的砍伐森林和非法猎杀野生动物,野生动物栖息地遭到破坏,种群数量减少。保护野生动物种群的生存和繁衍,改善野生动物生存环境迫在眉睫。因此,国内外越来越多的科研人开始关注和研究野生动物。但是对野生动物肠道微生物的研究相对较少,大部分研究依然使用传统培养方法进行,结果不够全面准确。高通量测序技术因经济快捷、准确性好、灵敏度高和通量高而被广泛用于对人和动物肠道微生物研究。该技术能够较全面准确的展示肠道微生物整体环境。而提取高质量肠道微生物的总DNA又是利用高通量测序技术研究肠道微生物的前提。提取的总DNA质量好坏将影响后续实验结果精确性和准确性,但现今没有统一的提取标准,不同方法提取肠道微生物总DNA的质量存在巨大的差异。因此,找到合适的提取肠道微生物总DNA的方法尤为重要。本研究具体内容如下:1、野生动物粪便DNA提取方法对比研究本研究选取6种提取方法与2种提取策略组合,同时提取草食性和肉食性野生动物粪便总DNA。结果表明,方法1直接提取肉食性野生动物粪便微生物总DNA和方法3预处理提取的草食性野生动物粪便微生物总DNA质量较高,能较好反映粪便的微生多样性。2、野生动物肠道微生物多样性分析从南昌动物园采集10种野生动物新鲜粪便共20份,按食性分为草食、肉食和杂食组,而草食组又按胃的数量分为反刍组和单胃草食组。利用高通量测序技术对全部样品进行测序共得到1379320条序列,归类和注释共获得2529个OTU。肉食、杂食和草食组每个样品平均OTU数分别为109.5±7.5个、548.2±18.8个、918.9±85.7个;反刍组和单胃草食组每个样品平均OTU数分别为701±160.8个、1064.2±33.7个。Alpha多样性分析结果显示测序数据较好的反映了样本微生物的情况,可用于下一步分析。Beta多样性分析结果显示,草食组微生物多样性最高,杂食组次之,肉食组最低;反刍组微生物多样性高于单胃草食组。各组样品菌群结构统计分析结果显示肉食组优势菌为Firmicutes、Fusobacteria、Bacteroidetes和Actinobacteria;草食组优势菌为Firmicutes、Bacteroidetes和Proteobacteria;杂食组优势菌为Firmicutes、Bacteroidetes和Spirochaete。反刍组优势菌门为Firmicutes、Bacteroidetes;单胃草食组优势菌为Firmicutes、Bacteroidetes、Proteobacteria。各组样品两两进行差异菌群分析,结果显示草食动物粪便中Bacteroidetes、Spirochaete和Verrucomicrobia丰度高于肉食组,而肉食组粪便中Actinobacillus和Fusobacteria丰度高于草食组;草食组粪便类群中在门水平与杂食组无明显差异;肉食组粪便中Fusobacteria高于杂食组,而杂食组中Spirochaete高于肉食组;反刍组粪便中Firmicutes和Tenericutes高于单胃草食组。分析了各组样品菌群在代谢功能上的差异性。本实验运用高通量测序技术研究肠道微生物多样性,较为全面展示了野生动物肠道微生物的群落结构。为深入探究食性和消化生理结构影响肠道微生物多样性机制提供基础理论依据,并为更好的保护野生动物奠定科学依据。