随着新的医疗卫生体制改革的逐步深化,公立医疗机构面临着管理机制和体制的改革。保障公立医疗机构的健康发展,确保其经济运行正常,得到合理补偿,不断提高医疗质量和服务质量。改善服务流程,满足人民群众不断增长的医疗服务需求,构建和谐的医患关系,切断医药不正当的利益纽带,这些都是值得深入研究和探讨的研究课题。2009年4月,新医疗体制改革方案最终公布。新方案中,公立医院改革成为一个重要方向,其中也涉及到公立医院补偿机制的改革。公立医院的补偿机制是个大的系统,它涉及到卫生体系的筹资、支付、绩效等各方面。随着改革的深入,公立医院补偿机制中暴露出来的问题越来越明显,如收费价格扭曲,医疗服务不能得到合理补偿；药品成率过高,“以药养医”现象客观存在,并且还存在医药不正当的利益纽带关系；医院某种程度上的趋利行为导致的诱导需求等等。但是,公立医院补偿机制改革是一个长期复杂的过程,一方面,改革的政策方向已定,可具体实施方案还在探索之中；另一方面,国外的一些先进经验可以为我们提供借鉴作用,可更要注重符合中国的现实。虽然对我国公立医院补偿的研究已经很多,但是这些研究更多的是对存在的问题提出改革措施和政策建议,大多数是基于现象的分析和经验研究,而对补偿机制的作用机理没有进行深入的探讨。本文主要分析上海市公立医疗机构补偿的现状,通过10家三级综合性医院和20家二级综合性医院2004—2008年的经济运行数据的分析,分析了5年来上海公立医院的总体经济运行状况。并针对医院的内部管理,提高医疗服务效率,改善服务流程,缩短平均住院日在上海市16家三级综合性医院进行了深入系统的分析和研究。同时在一家医院开展了医院绩效考核的实证研究。本文主要的研究工作和成果可以归纳如下：(1)系统分析了上海市公立医院的经济运行现状,研究表明2004—2008年上海公立医院的经济运行状况总体上是收支平衡,费用控制较为理想。但价格调整政策对公立医院的经济运行影响常巨大。不合理医疗服务利用客观存在。(2)在加强医院内部管理方面,提高服务效率,缩短平均住院天数是一项行之有效的措施。医院应该注重内涵建设,有效控制医院规模。同时医院应该改进服务流程,解决影响缩短平均住院日的瓶颈。积极开展新技术新项目,提高诊治水平。在降低平均住院日的同时,要注重医疗质量和医疗安全。(3)针对医院内部运营效率方面,充分调动员工的主观能动性和工作的积极性,开展绩效考核是加强医院内部管理,深化医疗卫生体制改革的根本需要；推进目标管理是实现绩效考核的有效途径。医院在开展绩效考核的过程中要兼顾不同科室、不同医务人员的特点,进行有针对性的考核。本文提出的建议主要有：(1)完善公立医疗机构补偿机制,切断医药不正当利益纽带。(2)实施单病种付费,控制医疗费用的不合理增长。(3)稳步推进诊疗规范和临床路径建设。(4)推进全科医生培训,提高全科医生的质量。(5)加强医院内部管理,提高医疗服务效率。(6)开展绩效管理,注重医疗质量。本文主要的创新点有：1.本文系统分析了上海市公立医院2004—2008年总体经济运行状况,并就切断医药不正当利益纽带提出了若干可能的解决方案,为卫生主管部门制订政策提供参考。2.针对医院内部管理,提高服务效率,以缩短平均住院日为作为研究内容,从医院层面、科室层面、病种层面提出缩短平均住院日的主要途径。3.建立了一套临床医技科室和个人绩效考核指标体系,并在医院中实地运作,效果较好。