复杂系统决策是复杂系统研究的重要分支。系统结构分析是复杂系统决策的重要任务之一。分析结构是对系统内在结构的描述和表达,是解决复杂系统决策问题的基础。论文首先介绍了复杂系统相关概念和理论,阐述了分析结构与系统内在结构的内涵,提出了分析结构界定应遵循的基本支持理论。然后,根据认知过程的特点将认知过程划分为问题识别、概念化、形式表示和测试四个阶段,并在不同的阶段划分了认知的层次,指出界定分析结构的原则和专家在分析结构界定中的重要作用。之后,研究了复杂决策问题分析结构的表述方法。结合复杂系统特征和认知的阶段与层次,本文在分析AHP和ANP内在作用机制的基础上分别给出了系统分析结构表达的方法即具有隐含层的分析结构。加入隐含层的分析结构能够表达复杂系统中不明作用机制的影响,因而能更好地反映复杂问题的真实情况。最后,结合区域科技实力评价问题,对所提出的系统分析结构予以了可操作性验证。