目的：探讨功能性下丘脑闭经(functional hypothalamic amenorrhea，FHA)的病因及病理变化，研究补肾序贯法对这一病理过程治疗的临床效应，从而为中医药治疗FHA提供思路和方法。 方法：对江苏省中医院门诊就诊的符合纳入标准的FHA患者32例，随机分为治疗组(中药补肾序贯)，对照组(西药人工周期)。观察中药补肾序贯法对FHA临床症状的改善情况，监测BBT、B超、血清促卵泡生成素(FSH)、促黄体生成素(LH)水平的变化情况，比较两组治疗前后的疗效，以及停药后复发情况，利用SPSS13统计软件进行数据分析。 结果：临床研究表明：中药补肾序贯治疗和西药人工周期治疗均能有效改善FHA的临床症状，两者没有显著差异；同时，两组血清中FSH、LH水平均得到改善，两组之间FSH、LH治疗前后对照均呈显著差异(P＜0.05)；但治疗组和对照组之间没有差异性。于停药观察期间，治疗组复发率明显低于对照组，两者有显著差异(P＜0.01)。 结论：功能性下丘脑闭经的病理关键在于肾虚为病，补肾序贯法通过益肾填精、补肾助阳、燮理肾中阴阳平衡，调整月经周期节律，从而达到治疗的目的，为临床有效的治疗方法之一。