随着FPGA芯片的广泛应用，辅助诊断系统已经呈现出向便携式、低功耗的发展趋势，基于FPGA的辅助诊断系统已经成为国内外研究的热点。本文在充分分析国内外辅助诊断系统的基础上，提出基于FPGA的辅助诊断系统的设计方案。基于FPGA的辅助诊断系统有效的克服了单片机芯片不够灵活、运算速度慢等缺点，并且采用嵌入式技术增加了设计的灵活性和可移植性。辅助诊断系统的设计思想是根据病人当时的生理数据，通过模糊控制逻辑原理和规则库，初步诊断出病人的病症、并且给出初步的治疗建议。根据这个思想，首先是在FPGA中完成模糊控制模块的设计，然后在FPGA中嵌入NiosⅡ处理器作为应用平台，通过此平台控制模糊控制模块同FPGA外围电路之间通信，从而将反模糊化后输出的诊断数据通过液晶显示。最后通过几个简单的腹痛疾病的病例，验证辅助诊断系统的准确率在80%以上，达到研究的预期目标。