大菱鲆（Scophthalmus maximus）是中国北方沿海区域一种广泛养殖的海水鱼类品种。近年来，随着人工养殖的快速发展，遭受了多种病害，尤其是像大菱鲆虹彩病病毒（TRBIV）所引发的病毒类疾病，使我国的大菱鲆人工养殖业遭受了巨大的经济损失。Toll样受体(Toll-like receptor, TLR)是一种重要的模式识别受体（Pattern Recognition Reportor PRR）,是宿主抵抗病原体感染的Ⅰ型跨膜受体。它包含两个重要的结构域，细胞外富含亮氨酸重复（LRR）结构域和细胞内TIR (Toll/IL-1reporter）结构域，它们被一个跨膜区（transmembrane TM）所连接。在脊椎动物和无脊椎动物中，TLRs都能通过其LRR结构域识别外来或内源的病原相关分子模式(pathogen associated molecular pattern, PAMP),借助TIR结构域激发髓样分化因子88（MyD88）依赖性途径或者是MyD88非依赖性途径，最终释放炎症细胞因子、Ⅰ型干扰素（IFN）以及趋化因子，引发天然免疫反应以及获得性免疫反应。TLR3是TLR家族的一个重要的成员，能够识别病毒的dsRNA，主要通过MyD88非依赖性途径诱导一系列的炎症因子以及IFN-β的产生，在抵抗病毒感染过程中起着重要的作用。因此，对大菱鲆TLR的深入研究在对防治大菱鲆病害上具有重要的意义。到目前为止，大菱鲆TLR3(SmTLR3)还没有被克隆和研究。本文采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase, RT-PCR)、同源PCR克隆(Homology PCR Cloning)、 cDNA末端快速扩增（Rapid Amplificationof cDNA ends, RACE）和染色体步移（genome walking）方法从大菱鲆头肾组织中克隆得到TLR3的全长cDNA、基因组DNA以及启动子序列。大菱鲆TLR3cDNA（GenBank登录号：KJ194173）全长3482bp,完整开放阅读框长2751bp,编码916个氨基酸，5’非翻译区长244bp，3’非翻译区长487bp。大菱鲆TLR3氨基酸序列，与其他鱼类和哺乳动物的TLR3氨基酸序列类似，也具有典型的三个分区:胞外LRR区域、TM区域和胞内TIR区域。TLR3基因组DNA（GenBank登录号：KJ194174）全长4438bp,包括5个外显子和4个内含子。在TLR3基因的5′侧翼有一段包含许多转录因子结合位点的1538-bp的启动子序列。序列分析表明，大菱鲆TLR3与其他鱼类和哺乳动物的TLR3氨基酸序列具有较高的同源性。采用实时定量PCR(Quantitative real-time PCR, qPCR)技术对TLR3基因在健康大菱鲆的12个组织中表达分布状况做了研究。结果显示，TLR3在被检测的组织中都是组成型表达，在头肾、心脏和消化器官中有较高的表达水平，在鳃、肾和肝中是中等水平表达，在脑、脾、性腺、肌肉和皮肤中的表达水平是较低的。为了进一步探索TLR3基因的表达规律以及其在抗病毒免疫中的作用，我们选用TRBIV和多聚寡核苷酸（Poly I:C）在不同的时间点对大菱鲆进行腹腔注射，研究TLR3基因在头肾、脾、鳃以及肌肉组织的表达水平。研究结果表明在poly I:C刺激鱼体之后，SmTLR3基因的上调表达在脾脏中开始于3h,在鳃、头肾和肌肉组织中都是开始于6h。在这四种组织中，SmTLR3基因的上调表达从开始一直持续到实验的最后时间点，都包含了两个诱导表达的峰值。在鳃和肌肉中，SmTLR3基因表达的第一个峰值时间点都是1d,峰值的倍数分别是3.7倍和8.7倍。在头肾和脾脏中SmTLR3基因表达的第一个峰值时间点都是12h，峰值的倍数分别是8.4倍和3.2倍。在四种组织中，SmTLR3基因表达的第二个峰值时间点都是都是5d，峰值的倍数分别是鳃4.4倍,肌肉3.6倍,头肾10倍和脾脏3.3倍。在TRBIV刺激鱼体之后，SmTLR3基因的表达水平相对于poly I:C刺激鱼体之后SmTLR3基因的表达水平要晚一些和弱一些，而且在四种组织中都只有一个突然出现的峰值。在鳃、头肾、脾脏和肌肉中峰值的时间点分别是3d,2d,1d和1d,峰值的倍数分别是3.3倍、4.3倍、2.1倍和4.6倍。在峰值时间点之后，四种组织的SmTLR3基因的表达水平逐渐下降，但是在最后的时间点SmTLR3基因的表达水平仍然在对照水平之上。我们的研究结果为进一步研究SmTLR3在硬骨鱼中抗病毒免疫反应中的功能提供了依据，也为有效开展大菱鲆病毒害的免疫防御工作奠定了重要的基础。