从2011年起，在国家培育和发展战略性新兴产业的整体布局下，全国各省、自治区和直辖市开始大力发展战略性新兴产业。但是各地区产业培育的效果如何，我们却不得而知。因此，了解产业发展现状并为未来发展提供指引是本文的目标所在。本文使用产业创新系统理论研究我国战略性新兴产业问题。首先，结合产业创新系统功能理论及我国战略性新兴产业的特点，对我国战略性新兴产业创新系统的运行机制进行分析，阐述了我国战略性新兴产业创新系统的动力源及运行动力机制。其次，本文对我国区域战略性新兴产业创新系统进行了定量研究，从战略性新兴产业创新系统运行过程中功能之间的交互作用角度考察创新系统投入、产出要素的形式和内容，从而构造适合战略性新兴产业创新系统效率评价的指标体系。投入指标选取R&D经费内部支出、R&D人员全时当量、新产品开发项目数、资产总计和从业人员年平均人数，产出指标选取专利申请数和新产品销售收入，并采用数据包络分析模型对我国各区域战略性新兴产业创新系统进行效率评价。通过本研究了解我国区域战略性新兴产业发展的现状和差异，据此提出相应的政策建议，以期能为各省级政府培育和发展战略性新兴产业提供一定的决策参考。