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新城疫是由新城疫病毒引起的，以禽类消化道、呼吸道损伤为主要特征的急性高度接触性传染病。该病呈世界范围分布，给养禽业带来重大经济损失。我国采取以免疫为主的综合防制措施，在一定程度上控制了ND大规模流行，但该病仍然是目前危害我国禽类的重大传染病之一，并且呈现许多新的流行病学特点，如非典型性新城疫、NDV新基因(亚)型出现，宿主范围扩大和毒力增强等，使ND防控复杂化。因此，对NDV分子流行病学的监控分析，鉴定不同宿主NDV毒株对鸡的致病性，可以明确我国NDV毒株的流行、变异趋势，了解不同禽类在NDV生态学中的作用，对于ND综合防制措施的有效调整有重要的实践意义。
本研究通过鸡胚分离结合血清学鉴定，从来自我国9个省市的疑似ND病料中分离鉴定出和收集到37株NDV。这些毒株跨度为2001-2007年间，分离白鸡(29株)、鸭(1株)、鹅(3株)、鸽(2株)、鸳鸯(1株)以及野鸟(1株)。
首先对各分离株进行了CEF细胞蚀斑纯化或有限稀释纯化。每株病毒选取3-5个克隆扩增F基因部分片断(包含F蛋白裂解位点的860bp)，直接取PCR产物测序分析，确定无其它型病毒混合感染后，选取保守克隆进行全长F基因克隆、序列测定分析。结果表明，所有NDV分离株F基因ORF长度为1662nt，编码533个氨基酸，没有出现插入和缺失。将37株NDV分离株与GenBank中20株参考毒株F基因核苷酸序列绘制了系统发育进化树。分析发现，37株分离株分别属于基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅵb和Ⅶd(亚)型。基因Ⅰ型(4/37)、基因Ⅱ型(6/37)和基因Ⅲ型(1/37)分离株约占30％，与我国使用的疫苗株间核苷酸同源性在99％以上，可能来源于疫苗株或其变异株；基因Ⅵb亚型(2/37)毒株为鸽源分离株，与我国鸽群中流行的毒株核苷酸同源性在96％以上，氨基酸同源性在在94％以上，没有发生明显变异。基闪Ⅶd亚型(24/37)分离株约占65％，与我国最早的基因Ⅶd亚型鹅源分离株QY97间核苷酸同源性在96％以上，说明目前的优势流行株可能与QY97株具有共同祖先。37株NDV分离株有5种F蛋白裂解位点序列，分别为112GKQGRL117(基因Ⅰ型)、112GRQGRL117(基因Ⅱ型)、112RRQRRF117(基因Ⅲ型)、112KRQKRF117(基因Ⅵb亚型)和112RRQKRF117(基因Ⅶd亚型)。除基因Ⅰ型和基因Ⅱ型外，其它基因型毒株均具有成对的碱性氨基酸，说明基因Ⅰ型和基因Ⅱ型为弱毒株，其它基因型为强毒株或中强毒株。对F蛋白功能区分析发现，所有分离株F蛋白中和位点、糖基化位点及半胱氨酸残基高度保守。说明本研究中的分离株F基因已知的重要功能区没有发生重大交异。
为阐明不同基因(亚)型或不同宿主来源毒株对SPF的致病性，以及各毒株在SPF鸡组织器官中病毒载量及组织亲嗜性的差异。本研究选取了不同基因型(Ⅱ、Ⅲ、Ⅵb和Ⅶd)和不同宿主来源(鸡、番鸭、鹅、鸽、鸳鸯和野鸟)的8株分离株，以103.0EID50/0.1mL人工滴鼻感染15日龄SPF鸡。攻毒结果表明，基因Ⅶd亚型NDV毒株感染SPF鸡后发病率为100％，除来自野鸟的一株病毒外，其他毒株死亡率为100％。临床和剖检症状表明这些毒株属于嗜内脏型强毒株。基因Ⅱ型毒株感染后没有明显临床症状。基因Ⅲ型和基因Ⅵb亚型感染后仅表现为羽毛凌乱、精神沉郁等临床症状，未出现死亡。
在攻毒后每隔2天，每次取3只鸡进行剖检，选择重点组织器官，对其中病毒进行定量检测，比较各毒株的病毒载量及组织亲嗜性的差异。针对NDVM基因保守片断设计引物，建立了SYBRGreenIReal-timeRT-PCR方法。利用该方法检测48hpi(攻毒后48h)、96hpi和144hpi时脑、哈德氏腺、气管、肺、法氏囊、盲肠扁桃体中的病毒载量。检测结果发现，所有基因Ⅶd亚型毒株48hpi时可在免疫器官内检出，病毒载量在102copies/μL以上。96hpi时病毒载量达到高峰。最低值接近105copies/μL。濒死和死亡SPF鸡在不同死亡时间内，病毒载量的变化都不大，仅个别毒株个别组织出现102-104倍波动：基因Ⅲ型毒株和基因Ⅵb亚型毒株在48hpi时病毒载量低，有的检出阴性，144hpi时病毒载量比96hpi时约高10倍，但最高仅104copies/μL，在离接种部位近的组织内病毒载量升高快；基因Ⅱ型毒株攻毒后在任何时间段内无法检出病毒。
致病性综合分析表明，本研究分离的基因Ⅱ型分离株为低致病力毒株(弱毒株)，在所检测的组织中未见分布；基因Ⅲ型和基因Ⅵb亚型分离株为中等致病力毒株(中强毒株)，仅在距接种部位近的组织中较快复制；基因Ⅶd亚型毒株为嗜内脏高致病力毒株(强毒株)，来自不同宿主的基因Ⅶd亚型毒株均对SPF鸡有高度致病性。与F48E9株相比，基因Ⅶd亚型毒株对鸡的致病性没有变化，这些毒株的流行不是病毒毒力增加的结果。
本研究表明，目前我国NDV流行毒株中，多基因型并存，其中基因Ⅱ型为低毒力毒株，与疫苗株有关；基因Ⅲ型和基因Ⅵb亚型为中等致病力毒株，引起SPF鸡发病但不死亡：基因Ⅶd亚型毒株仍然是优势流行株，与1997年分离的同亚型毒株F基因核苷酸和氨基酸同源性均在95％以上，表明近10年来病毒变异不大，为针对新基因型疫苗研制的可行性提供理论基础。另外，本次37株NDV的F蛋白功能区没有发生较大变异，点突变是造成NDVF基因变异的主要原因。分离自发病水禽鸭、鹅，以及健康候鸟的基因Ⅶd亚型毒株，属于对SPF鸡的嗜内脏高致病力毒株。与F48E9株相比，这些病毒的毒力没有增强。NDV的这种生态循环，对我国鸡群和其他禽类造成了巨大的潜在威胁，也使研究者重新认识水禽、野禽在NDV生态学中的地位和作用，从而有效调整新城疫的防控措施。