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2008年由次级房屋信贷危机引起华尔街海啸爆发后，美国雷曼兄弟、华盛顿互助银行、世界通信公司和通用汽车等美国知名企业纷纷陷入申请破产保护和被收购的困局。这重新引起了理论界和实务界对内部控制理论的思考，内部控制既然作为企业规避风险的方法，为何美国这些号称拥有健全内部控制的大公司会面临破产的危机呢？经过专家们的深入研究，得出两点结论：一是内部控制评价标准脱离企业实际情况不具有可操作性，不能有效指导企业开展内部控制实践；二是公司治理存在缺陷使得内部控制形同虚设。在这样的背景下，公司内部控制运行质量的好坏开始引起企业和学者的密切关注，由此引发理论界和实务界展开新一轮的内部控制评价的研究。本文以COSO报告和我国《企业内部控制基本规范》为基础，以加强企业内部控制体系的建设和控制水平的提高为准则。结合目前我国企业内部控制现状，从风险管理理论的引入着手，在吸收了《企业内部控制基本规范——企业内部控制评价指引》理念的基础上深入研究了内部控制相关理论，对医药制造上市公司内部控制评价进行比较有针对性的研究。本文详细介绍医药制造上市公司内部控制评价理论对内部控制理论的影响，致力于建立强化风险控制为中心的医药制造上市公司内部控制体系，并建立灰色聚类评价模型将医药制造上市公司内部控制做等级评价。第一章绪论。主要介绍本文研究背景、意义与国内外文献综述，以及研究的主要方法、内容与思路。第二章上市公司内部控制评价的理论研究。主要研究内部控制评价的目的、范围，以及风险评价的方法。确定内部控制评价指标体系的原则，保证内部控制评价的合理性和有效性。第三章医药制造上市公司内部控制评价指标体系的构建。通过分析医药制造行业的基本情况及其内部控制评价的现状，根据医药制造行业的内部控制风险来合理建立医药制造上市公司内部控制评价指标体系。第四章灰色聚类风险评价模型原理。主要介绍灰色系统理论的背景知识以及灰色聚类评价模型的简介，为案例研究做好数据分析准备。第五章内部控制评价在上市公司的运用的分析。从目前我国沪深上市医药公司中选取四家不同代表的医药制造上市公司做研究，检验指标的有效性与可行性。第六章结论及未来展望。阐述本文构建医药制造上市公司内部控制评价模型的结论与作用，给出相关建议并指出文章不足及展望趋势。