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本研究用RAPD技术、线粒体DNA上的细胞色素b基因及D-Loop序列分析方法，结合形态学性状分析研究了美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)的3个主要自然种群：红龙鱼、金龙鱼和青龙鱼之间的遗传差异，结果如下： 1．所检测的形态学数据表明三个种群在形态上极为相似，其最明显的差异是体色，分别为金红色、金黄色和青灰色；此外金龙鱼的躯体比红龙鱼和青龙鱼的略显肥厚，其体高和体厚的比值为1.75，而红龙鱼和青龙鱼的比值分别为1.95和l.94。 2．筛选出13条引物，对美丽硬仆骨舌鱼12个样本(5尾红龙、4尾金龙和3尾青龙)进行RAPD扩增。结果从12尾龙鱼中共检测到126个位点，其中多态性位点73个，多态位点的比例为57.9％。美丽硬仆骨舌鱼个体间的遗传距离值介于O.04～O.3之间，3个群体内的遗传距离分别是：红龙鱼0.124，青龙鱼0.119，金龙鱼0.175。而群体间的遗传距离分别是：红龙鱼与青龙鱼之间为0.16，红龙鱼与金龙鱼之间为0.231，金龙鱼与青龙鱼之间为0.19。在遗传关系图谱上，红龙鱼和青龙鱼聚为一支，金龙鱼单独聚成一支。 3．进行线粒体DNA Cytb基因序列的克隆及分析，金龙鱼(Jl)、红龙鱼(H2)和青龙鱼(q3)的Cytb基因的全长为1141bp，共有5个变异位点，即5个转换位点，它们都在密码子的第三位，所编码的氨基酸只有1个变异。用Vector NTI suite8软件分析个体间的遗传距离，青龙与红龙之间的遗传距离为O.003，青龙与金龙的为0.004，红龙与金龙的为O.003。 4．进行线粒体DNA D-Loop序列的克隆，扩增获得三尾(金龙鱼1、红龙鱼1、红龙鱼2)美丽硬仆骨舌鱼的D-Loop全序列，并对其序列特征进行分析。美丽硬仆骨舌鱼D-Loop的结构与大部分鱼类的相似，靠近D-Loop的5’端有3个终止相关序列TAS(I、Ⅱ、Ⅲ)，靠近D-Loop的3’端有4个保守区域CSBI、CSB2、CSB3、CSB—D，在终止相关序列和保守区域之间是连续重复区域。由于每个个体的连续重复区域个数的不等，导致线粒体DNA长度的异质性。根据D-Loop全序列的测序结果设计引物扩增另外三尾(金龙鱼2、青龙鱼1和青龙鱼2)靠近5’端的连续重复区域区及其旁侧共714bp长的序列，测序并进行遗传关系分析。在6尾美丽硬仆骨舌鱼的此714bp长的D-Loop片段序列中检测出29个转换位点。用MEGA3.O分析此片断得出，青龙鱼与金龙鱼之间的遗传距离为O.011～O.029，青龙鱼与红龙鱼之间的遗传距离为O.013～0.03，红龙鱼与金龙鱼之间的遗传距离为0.016～0.037。以澳洲星点龙鱼作为外群构建遗传关系树。在此关系图中，金龙鱼和红龙鱼混杂且聚成一支，青龙鱼单独成一支，澳洲星点龙鱼与美丽硬仆骨舌鱼从进化树的根部就已经被分开。 用RAPD对基因组DNA的研究结果表明，红龙鱼和青龙鱼之间的遗传关系较近，金龙鱼与它们的较远而在系统进化树上单独分为一支。此分析的结果与Gen的研究结果相同，且形态学的结果也偏向于支持金龙鱼的特异性。但mtDNA上Cytb和D-Loop两个基因的分析结果却反映了红龙鱼和金龙鱼两种群的遗传关系较近，而它们与青龙鱼的遗传关系则较远，这与用RAPD对基因组DNA的分析结果不一致。由于mtDNA的母系遗传特性，据此推测试验中的金龙鱼和红龙鱼可能源于相同的母本，也即实验用的金龙鱼有可能是与红龙的杂交后代。