从上世纪90年代以来，区域创新系统的概念越来越被政策制定者和学者们所关注。区域创新系统已被视为能很好地增进对区域经济中创新过程理解的概念框架和为创新政策制定提供实证基础的分析框架。通过构建区域创新绩效评价指标体系，对区域创新绩效进行客观、科学、有效的评价，以及对区域创新资源投入与创新绩效的协调状况进行分析，有助于地方政府采取有针对性的政策措施，合理配置区域的创新资源，促进区域创新的协调发展。本文从界定区域创新绩效出发，将区域创新绩效分为区域创新系统技术效率和经济效率，由此构建了区域创新绩效评价的两阶段模型，对区域创新绩效的评价方法进行了研究，实证评价分析了我国区域创新系统的技术效率和经济效率，结合区域创新资源投入能力的评价结果，对我国区域创新资源投入能力与创新绩效之间的协调性进行了分析，提出了促进区域创新资源合理配置及区域创新协调发展的政策措施。主要研究内容和创新点可概括为以下几个方面： 一、在对区域创新系统内涵、分类、组织结构及其运行机制等理论研究成果进行综述的基础上，从多区域创新系统的比较研究和单一区域创新系统实证研究角度，对区域创新系统的实证研究方法进行了总结，比较分析了当前在区域创新系统绩效评价中所采用的指标和评价方法，系统概述了区域创新绩效评价的理论基础，并以此作为全文研究的起点和基础。 二、在深入分析区域技术创新过程的基础上，重新界定了创新过程各阶段的投入与产出，将区域创新过程分为科技资源投入转化为科技成果和科技成果实现后转化为经济效益两阶段，对两阶段绩效的内涵进行了界定，并构建了区域创新绩效评价的两阶段模型和评价指标体系。 三、提出了基于知识生产函数的区域创新绩效组合评价方法（简称组合方法），该方法组合了参数法、投入产出比例法和综合加权法等三种方法，运用组合方法对我国区域创新系统技术效率、经济效率进行了实证评价，并将组合方法的评价结果与数据包络分析（DEA）方法的评价结果进行了一致性检验，表明组合方法的评价结果具有合理性，能达到对各种方法扬长避短的效果。并综合应用非参数检验方法，对我国各地区技术效率和经济效率的有效性以及各地区技术效率和经济效率的差异性进行了分析。 四、目前国内很少有涉及到区域创新资源投入能力与创新绩效之间协调性研究的文献，本文运用集对理论的联系度方法分析了区域创新资源投入能力、技术效率和经济效率之间的关系，进而科学地揭示了三者之间的协调性发展程度。研究结果表明：我国区域之间科技资源投入能力与技术效率的协调性程度比较高，科技资源配置效果较好，而科技成果投入能力与经济效率的是存在对立趋势的，科技成果资源配置效果不好，而且，区域之间技术效率和经济效率协调性程度很低，对立趋势逐渐增强，说明我国区域之间技术效率和经济效率分布不平衡的现象越来越明显。文章在最后提出了促进我国区域创新资源合理配置及区域创新协调发展的政策措施。