我国专利制度建立已有二十多年历史,为科学技术进步及经济发展起了重大作用。但对计算机程序是否应该以及如何用专利制度来保护目前还存在较大分歧,从而多次在我国《专利法》、《专利法实施细则》以及《审查指南》修改过程中对此问题均存在较大争议。2006年国家知识产权局修订的《审查指南》中引入了功能模块构架这一概念,对解决使用专利制度保护计算机程序问题进行了一次大胆尝试,总体来说带来了较好效果。但该解决方案也带来一系列相应问题。通过对国内外此类问题解决方式具体研究,找出我国以功能模块构架方式保护计算机程序优点、存在问题,并为其完善和发展提供一些合理建议,是本文研究的目的。本论文总体框架由引言、正文和结论三个部分组成。导论部分主要阐述本次研究工作的目的、设想、方法及所取的成果及当前进行此项研究所具的理论价值和现实意义。正文部分共分为四个子部分,现分述如下:第一部分:功能模块构架问题产生背景。论述导致功能模块构架问题产生的背景。第二部分:国外专利制度对计算机程序保护问题之分析。分别对各国专利制度对计算机程序保护问题的立法模式、审查制度、司法方式进行对比介绍和评析。第三部分:功能模块构架所存在的问题。通过上面的对比介绍和评析,指出2006版《审查指南》中功能模块构架方式优点以及存在的主要问题。第四部分:完善功能模块构架建议。在前面三部分工作的基础上,提出完善功能模块构架的建议。本文的结论是:1、立法方面:在新修改《专利法》及《专利法实施细则》时对计算机程序保护方式进行明确,并提出具体解决方式;2、在审查制度方面:应完善在审查程序中功能模块构架认定及审查措施,并提出复审及无效审查中对此问题提出解决方式,从而形成一套完善的法律体系;3、在司法方式:在侵权认定时应严格区别功能模块构架及实体装置,统一判定标准,既保护专利权人利益又防止权利滥用。4、在执法配合方面:专利局、复审委以及法院应统一思路,形成一套完整而慎密的法律体系。在研究方法上,本文主要使用历史分析法、法律实证分析法、比较法等研究方法对该论题进行研究。