2003年至2007年国家审计署对外公布的审计结果公告中,占财政资金数额最大、比重最高的部门预算执行审计问题引起了社会各界的广泛关注。政府作为公共资源的受托者,其对社会公众负有广泛的责任;尤其是在建立透明政府、阳光政府,扩大公民知情权的民主政治日益发展的大环境下,对政府使用公共资源的经济性、效率性和效果性更是成为关注的重点;政府作为重要的信息制造者和拥有者,对其运营绩效的关注和评价,是需要相应的制度作为基础的,即在原有制度的基础上进行改革和创新,以适应新型政府、现代政府建设的需要,这也是我国政治改革的重点。因此,本文进行研究部门预算执行审计结果的三大理论基础为:公共受托责任理论、善治理论、制度变迁理论。在此基础上,本文通过研读和分析2003年至2007年国家审计署对外公布的有关部门预算执行情况的审计结果公告,将部门预算执行审计结果公告中出现的问题财政资金进行分类,根据各类别统计其金额,并分析其比例,同时结合每年审计结果公告中相关问题出现的次数与概率和被审计单位对审计结果的重视程度等问题,分析我国部门预算执行中存在的主要问题,并进一步思考和剖析产生这些问题的主要原因,最后提出了进一步改进部门预算的编制方法,对易操纵条目进行细化和控制;加大违规惩罚的力度,严格规范部门预算的执行;重视对部门预算的管理;加强部门预算执行审计及关注部门预算执行绩效等的改进部门预算执行的相关措施和政策建议。