经过二十余年的发展，我国56个国家级高新区在集聚创新要素、促进知识成果产业化和拉动区域经济发展中发挥着重要的作用，并日益成为其所在区域的重要“增长极”。随着我国进入发展方式转变和建设创新型国家的新阶段，国家高新区还需进一步承担带动产业升级转型和引领区域经济增长方式转变的重要使命。为此，国家高新区率先启动了由要素驱动向创新驱动的“二次创业”，在努力提高自身创新效率的基础上成为辐射带动区域创新的重要“创新极”。然而一直以来，高新区各项政策的制定多基于国际经验的借鉴和各区域的相互学习，缺乏对高新区自身发展效率的实证分析，从而形成创新政策简单化、片面化和同质化的缺陷，难以因时、因地制宜地提升高新区的创新效率，并最终造成公共资源的巨大浪费。因此，本文将以提升创新效率和促进发展模式转变的转变为目标，基于对各高新区创新效率差异性和创新能力特质的分析，有针对性地为不同类型的高新区提出适应性创新政策体系。　　 通过理解创新理论从线性创新模型向创新系统、创新网络模型发展的趋势，认识“创新极”的内涵与政策意义，述评创新效率的相关研究成果，本文确立了分析新阶段高新区创新效率及其政策选择的理论基础。在参考“创新环境与产业化模型”的同时，本文建立了对高新区创新效率进行分析评估的研究框架。目前，基于创新投入或产出的高新区评价方法比较成熟并已有广泛应用，但对高新区创新效率的评估还比较缺乏，而创新效率相对来说是反映高新区模式转变的更有效指标。本文将借鉴相关研究方法，致力于建立和完善高新区创新效率的评估方法，并以此为基础对高新区进行实证分析，并结合对于高新区创新资源禀赋的评估，为高新区的分类管理和有针对性的政策配置提供实证依据。　　 本文利用2007-2008年国家高新区评价数据，分别对高新区的创新效率与创新能力进行了评估与分类：一是采用数据包络分析方法(DEA)对高新区的创新效率(包括纯技术效率和规模效率)进行评价和分类：二是以主成分分析法对高新区创新资源禀赋进行评价，区分出创新资源相对丰裕与相对贫乏的高新区。基于两种定量分析方法的分析结果，从创新效率和创新资源两个维度将56个国家高新区分为五个类别，分别是“高投入高效型、精干高效型、投入潜力型、效率欠缺型和全面待发展型”，并绘制出各类高新区实现转型发展的路径。根据对最新创新理论的理解和创新政策逻辑的把握，应用TOBIT回归对影响创新效率相关因素进行实证检验。在此基础上，本文进一步提出了上述各类高新区提高创新能力和创新效率的政策选择与政策组合，指出“效率欠缺型”和“全面待发展型”高新区应当着手提高研发人员层次、提高研发经费管理水平、提高直接融资比例；同时建议“投入潜力型”高新区应当集中资源发展知识平台建设；最后指出“高投入高效型”和“精干高效型”高新区必须在非可度量投入(例如争取研发税优优惠试点等制度环境方面)加大政策力度。