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本研究从内蒙古鄂尔多斯市乌审旗、鄂托克旗和杭锦旗3个旗县9个地区的牧民家庭采集了48份传统乳制品样品,应用纯培养方法和16S rRNA基因序列分析法对乳制品中的乳酸菌进行分离鉴定,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术对酸牛乳、酸绵羊乳和酸山羊乳中优势菌种的数量进行分析,为保护和丰富内蒙古地区传统乳制品中的乳酸菌资源提供帮助。应用稀释平板计数法检测样品中乳酸菌活菌数。经检测,48份样品中的45份活菌数在71g CFU/m L以上,另外3份也在6lg CFU/mL以上,乳酸菌活菌数的范围在5.78-9.84 lg CFU/mL之间。利用乳酸菌分离培养基MRS和M17培养基对样品中乳酸菌进行分离纯化,通过表型特征法初步筛选乳酸菌,获得189株乳酸菌。运用16S rRNA基因序列分析法对乳酸菌进行种属水平上的鉴定,鉴定结果显示,分离出的189乳酸菌分别为6个属,19个种或亚种。其中包括乳杆菌属(Lactobacillus)的7个种和魏斯氏菌属(Weissella)的2个种,具体为Lactobacillus brevis(1株)Lanctobacillus helveticus (89株)、Lactobacillus kefiranofaciens(1株)、Lactobacillus kefiri(2株)、Lactobacillus paracasei(2株)、Lactobacillus. plantarum(17株) Lanctobacillus helveticus (1株)、Weissella cibaria(1株)、Weissella koreensis(1株)；链球菌属(Streptococcus)的1个种、乳球菌属(Lactococcus)的1个种、明串珠菌属(Leuconostoc)的2个种及亚种、肠球菌属(Enterococcus)的3个种,具体包括Enterococcus durans(9株)、Enterococcus faecalis(5株)、Enterococcus faecalis(2 株)、Leuconostoc mesenteroides1(9株)、Leuconostoc pseudomesenteroides(6株)、 Streptococcus thermophilus(2株)、Lactococcus lactis subsp.lactis(31株)鄂尔多斯地区优势菌种为：L.helveticus,占分离株的47%；Lac.lactis subsp.lactis(31株),占分离株的16%；Leu.mesenteroides占分离株的10%；L.plantarum占分离株的9%；这4者共占分离株的82%,其余种属的分离株数目较少。运用qPCR研究鄂尔多斯地区酸牛乳、酸绵羊乳和酸山羊乳中4种乳酸优势菌种的数量,结果表明3种发酵乳中的不同菌种基因拷贝数在106-1011 copise/g fece,L. helveticus、L.plantarum和Lac.lactis subsp.lactis的数量关系在酸牛奶、酸绵羊奶、酸山羊奶内并无显著性差异,对于Leu.mesenteroides,酸山羊奶中的数量显著高于酸绵羊奶和酸牛奶,酸牛奶中的数量显著高于酸绵羊奶。这与3种发酵乳中乳酸菌的分离鉴定结果相一致。