核酸是生物体内的重要的遗传物质。通过转录、翻译，DNA分子决定了生物体内的合成、催化等下游生物学功能。DNA分子的碱基、核糖、磷酸上都可能在特定的情况下发生修饰，不同的修饰类型对DNA分子的构象影响不同，进而可以调控不同的生物学功能，如表观遗传等。对这些修饰类型的研究和调控机理的阐明有助于我们研发新的治疗手段、实验技术。本文通过基于量化计算的能量打分函数结果的统计分析和DNA分子动力学模拟方法研究了磷硫酰化修饰对 DNA分子的相对能量和局部构象的影响。　　DNA骨架的磷硫酰化修饰在变铅青链霉菌体内的发现引起了人们对生理性磷硫酰化修饰的兴趣。尽管磷硫酰化修饰在核苷类药物的开发中已经作为化学修饰已经研究了很多年，但是人们对于该修饰类型在生命体内的生理作用、作用机理、调控等仍然还不是很清楚。本研究分为两大部分：第一部分是对基于量化计算的能量打分结果的统计学分析，挖掘拟合参数值在不同相邻碱基的分布，我们发现磷硫酰化修饰后的相邻碱基的相对能量的与相邻碱基存在显著的相关性，磷硫酰化修饰提高了相对能量以及5’端碱基的相关性。第二部分是对42个B-DNA分子的分子动力学模拟，通过对模拟轨迹的构象分析我们发现修饰后的DNA分子结构参数的变化与相邻碱基的组成存在密切的关系，d(GRST)和d(CRSC)等细菌中已发现的修饰类型被发现在修饰前后构象变化较大。