酶切富集PCR-焦磷酸测序技术检测NSCLC患者癌组织及外周血KRAS基因突变

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背景与目的:多项多中心临床试验结果证实,对于发生EGFR敏感突变的NSCLC患者,表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(epidermal growth factor receptor-tyrosine kinaseinhibitor,EGFR-TKI)可明显延长患者的无进展生存期(progression-free survival,PFS)及总生存期(overall survival,OS),但KRAS基因突变与患者对TKI的原发耐药密切相关,因此在进行EGFR检测的同时,进行KRAS基因突变检测能进一步增强TKI靶向治疗的的针对性。目前很多检测技术已用于KRAS基因的检测,但是多数检测方法成本高、操作繁琐、主观性强,缺乏临床实用性。因此,本研究建立简便、高灵敏度的酶切富集-PCR联合焦磷酸测序技术,检测NSCLC患者癌组织与外周血中KRAS突变情况,用于临床NSCLC患者的靶向治疗筛查,为选择最佳用药人群提供依据。方法:收集晚期NSCLC患者癌组织及配对的外周血样本43例,运用酶切富集-PCR联合焦磷酸测序技术,检测癌组织及配对的外周血样本中KRAS基因常见的12、13密码子突变情况,通过以不同比例混合KRAS突变型细胞系A549和KRAS野生型细胞系HCC827,测定酶切富集-PCR联合焦磷酸测序技术的灵敏度;分析癌组织与其配对的外周血标本突变状态的一致性,建立一种可以经外周血检测KRAS基因突变的检测手段。结果:1.在配对的43例NSCLC患者癌组织中检测到4例KRAS基因突变,均为12密码子突变;2例突变类型为GGT→AGT,2例突变类型为GGT→GAT;突变率为9.3%(4/43)。2.在配对的43例NSCLC患者外周血样本中检测到3例KRAS基因突变,均为12密码子突变;2例突变类型为GGT→AGT,1例突变类型为GGT→GAT;突变率为7%(4/43)。以癌组织样本中的KRAS基因突变为基准,突变一致性为75.0%(3/4)。3.按不同比例混合KRAS基因野生型的HCC827细胞株与KRAS基因突变型的A549细胞株,当混合比例小于1000:1时,可观察到突变峰,表明酶切富集-PCR联合焦磷酸测序技术的灵敏度为0.1%。结论:1.晚期NSCLC患者存在KRAS基因突变,其癌组织突变率为9.3%。2.晚期NSCLC患者癌组织和外周血中KRAS基因突变状态具有高度的一致性,提示在组织取材困难的情况下,外周血样本可以替代组织样本进行基因检测;在行分子靶向治疗前,外周血中KRAS基因突变状态也可以作为一个有效的参考指标。3.本实验成功地建立了酶切富集PCR-焦磷酸测序检测NSCLC患者癌组织及外周血KRAS基因突变技术。酶切富集-PCR通过引入特异的限制性内切酶,能更有效地使KRAS突变基因得到富集;在此基础上,联合焦磷酸测序技术,能大样本、高通量、精确地检测KRAS基因突变,能有效为NSCLC患者是否适合TKI治疗提供实验依据,给患者带来最大获益及避免医疗资源的浪费。
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