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杂种优势对刺参的育种具有重要意义,但其分子机理仍未得到充分研究。在本研究中,利用俄罗斯(R)和中国(C)刺参的亲本,构建了纯种(CC和RR)和杂交家系F1代(CR和RC)。并通过第二代测序技术进行了F1纯种和正反交群体的刺参转录组和miRNA测序,获得了不同发育时期的纯种和杂交群体的转录谱。本次实验获得了60.27Gb的数据量,并鉴定了176,649个unigene,其中有50,312个unigene基因被成功注释,以及202个miRNA,包括7个已知的miRNA、195个未被鉴定的miRNA和175个miRNA被鉴定为差异表达的miRNA(diffmRNA)。此外,对于不同家系的刺参基因的表达,构建了不同的差异分组,在刺参受精的45天、75天以及9月的杂交群体和纯种家系中发现了1,097-8,218个DEGs。为了获得生长性状的差异,对刺参45日龄和75日龄的不同家系构建了生长相关基因表达趋势图谱。根据GO和nr注释,共发现了31个生长相关的差异基因,这些生长相关的基因在杂种刺参中出现了上调表达,如gfs、igfs、megfs和hgfs等。此外,我们将这些差异基因进行了KEGG调控网络的富集分析,发现这些生长差异的基因主要参与了MAPK和FOXO信号通路,并在这两个通路中发现了一个共同的表达模块Ras-Raf-MEK1/2-ERK,它可能是幼年刺参发育和生长的关键调节模式,这些生长相关基因的差异表达可能在杂种优势中发挥重要作用。在9月龄的刺参体壁转录组测序中,发现了与皂甙合成的相关基因,皂甙是刺参中重要的营养物质,主要集中在体壁中,并且对海参的生长发育免疫起着重要的作用,在本研究中,鉴定了64个与皂甙合成相关的差异基因,这些差异基因可能导致不同家系刺参的免疫能力以及体壁生长优势的不同。此外,我们将本次实验的9月龄刺参的转录组和miRNA测序数据进行了联合比较分析,鉴定了不同的差异miRNA和靶基因的调控关系,并通过靶基因的数据库注释,进一步推测未知miRNA的功能。我们的研究为刺参中潜在的杂种优势的分子机制提供了基本的信息,并推测了一些可能导致杂种优势的生长相关基因,为海参的育种和发育提供了帮助。