传统的水资源费征收标准是根据各省、区、市水资源实际情况及当地经济发展水平制定的，不能充分体现水资源作为商品应具有的根本价值属性，也未能体现不同的用水方向，从而导致水资源费征收标准严重偏低、社会用水供需矛盾日益突出。同时，作为上下游联系紧密且生态关联性高的有机整体，流域内各地区对水资源的使用会对其他地区产生正面或者负面的影响，要使得这种负面影响趋于最小化，就需要在完善的流域生态补偿机制下，进行生态补偿。以往的流域间生态补偿建立于政府主导的财政转移支付基础之上，在实际操作中，往往存在转移支付资金来源不足的问题，致使流域间生态补偿不能大范围推广。要综合解决上述问题，就需要重新对水资源费进行合理的测算。现行各地区的水资源费征收模式都是以数量为计量单位、统一价格、定量征收水资源费，笔者认为，水资源费的征收标准不应是静止、单一的，而应是根据水质的差异、空间分布的差异和时程分布的差异呈动态变化的。本文首先对水资源、水资源费的相关概念进行了详细的论述，认为水资源的经济属性主要体现在其稀缺性、垄断性、准公共物品性和开发利用中的外部不经济性四个方面，并论证了水资源费征收的必要性。再从现行水资源费征收标准及现存问题入手，指出水资源费管理体系不完善，且缺乏合理有效的水资源费测算模型。本文基于水资源的经济特性，运用效用价值理论、供求价值理论、产权价值理论及其他经济学相关理论，系统阐述了水资源的有用性价值、稀缺性价值和产权性价值。再结合生态补偿理论，从有利于水资源恢复的经济补偿角度出发，将流域间生态补偿成本内部化，提出水资源费的生态补偿性价值，以价格杠杆促进各取用水户保护水资源，从而调整流域间各设区市的利益关系。进而在冯耀龙、王宏江（2003），徐晓鹏、武春友（2004）等人构建的测算包含水资源有用性、稀缺性和产权性在内的水资源费测算模型基础上，将水资源的生态补偿性量化，纳入水资源费测算模型当中，构建了基于流域间生态补偿的水资源费测算模型。最后，笔者以赣江流域为例，对赣州、吉安、宜春、新余和南昌5市的水资源费进行了测算，并针对南昌市居民水费支出情况展开了问卷调查，问卷调查结果显示，根据水资源费调整进行调整后的水价在居民承受范围之内，因此，利用该模型对赣江流域的水资源费进行测算是可行的。