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华贵栉孔扇贝（Chlamys nobilis Reeve）自然分布在日本、印度尼西亚以及我国的南海。由于其生长快、养殖周期短、经济效益高，而且味道鲜美、营养丰富，华贵栉孔扇贝在20世纪80年代中后期就已成为我国南方沿海重要的海水养殖种类之一。 实验室前期研究表明，华贵栉孔扇贝养殖群体中的橙色个体（橙色贝壳、橙色闭壳肌、橙色外套膜）不仅能够富集类胡萝卜素，而且其富集能力能够稳定地遗传。为了深入研究类胡萝卜素在这种贝类中的遗传规律，我们利用单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism， SNP）、微卫星（Simple Sequence Repeats， SSR）和插入缺失（Insertions/Deletions，InDel）标记，以华贵栉孔扇贝富含类胡萝卜素的橙色个体与类胡萝卜素含量低的褐色个体（褐色贝壳、白色闭壳肌、白色外套膜）杂交产生的F2家系的110个子代个体为作图群体，采用CP（Cross Pollinators）模型构建了华贵栉孔扇贝遗传连锁图谱，并对类胡萝卜素含量（Total Carotenoid Content，TCC）进行了数量性状基因座（Quantitive Trait Location，QTL）定位。 其中共开发了533个SNP位点，具有多态性的位点为177个，卡方检验显示145个位点符合孟德尔分离比，32个发生偏分离（18.07％，P<0.01）。开发了80个SSR及96个InDel位点，具有多态性的位点数分别为23个和32个，卡方检验显示分别有19和26个符合孟德尔分离规律，4个SSR（17.39%，P<0.01）和6个InDel（18.75%，P<0.01）发生了偏分离。 共有154个标记位点参与了雌性连锁图谱的构建，框架图共包含了105个标记，包括16个连锁群，图谱总长度为595.33cM，图谱的覆盖率为71.3％，平均间隔为6.69cM。166个分离标记用于雄性图谱的构建，122个标记定位到框架图谱上，包含19个连锁群，图谱长度为745.72cM，图谱的覆盖率为69.69％，平均间隔为7.24cM。利用共有标记将雌性图谱与雄性图谱进行了整合。在整合图谱中，154个标记共被划分为14个连锁群，平均间隔为4.83cM。 测量了华贵栉孔扇贝闭壳肌和外套膜中的类胡萝卜素含量，基本符合正态分布，闭壳肌类胡萝卜素含量与外套膜类胡萝卜素含量具有极显著的相关性，系数达到0.704。利用整合图谱对闭壳肌类胡萝卜素含量和外套膜类胡萝卜素含量进行了QTL定位。检测到了3个与闭壳肌类胡萝卜素含量相关的QTL位点(LOD>3.5)，分布于Z1、Z5和Z12连锁群上，单个QTL可解释的表型变异率从18.1-36.9%。检测到了2个与外套膜类胡萝卜素含量相关的QTL位点，分布于Z1和Z12连锁群上，单个QTL可解释的表型变异率为9.5%和55.5%。 遗传图谱的构建及类胡萝卜素含量相关性状的QTL定位为我们下一步从事分子标记辅助选择育种打下基础，并最终推动华贵栉孔扇贝的遗传改良。