随着金融危机的爆发，商业银行的治理风险及经营安全性得到了广泛地关注。治理结构作为商业银行日常经营运作的主体框架，对商业银行的健康成长、发展和持续经营发挥着重要的作用。通过对沪深两市商业银行治理结构与财务绩效关系的理论分析和实证分析，揭示二者之间存在的联系，为商业银行完善治理结构改革提出相关建议，并通过治理结构的完善改善商业银行财务绩效。文章的研究成果希望能够为以后的研究提供数据支持和理论依据，并且为未上市商业银行和其他金融机构完善治理结构提供参考。文章选用了定量分析与定性分析相结合的方法。首先对国内外学者的相关研究成果进行总结；其次，对商业银行治理结构及商业银行财务绩效进行界定，并通过对现代企业管理理论的研究分析商业银行治理结构对财务绩效产生影响的动因；再次，根据实证研究的方法，选取治理结构与财务绩效的相关指标、对指标数据进行搜集、指标的描述性统计、分析数据的相关性分析以及模型的建立来揭示二者之间的关系。研究结果显示：当商业银行股权集中程度较高时，大股东会利用手中的表决权伤害小股东的利益；商业银行董事会规模、监事会规模对财务绩效无显著影响；商业银行独立董事比例越高，其财务绩效越好；商业银行的高管人员持股比例越高，越容易引发高管过分关注短期收益，忽略商业银行的流动性风险和长期收益，不利于其长期发展。最后，利用理论分析和实证分析结果，提出了完善商业银行治理结构的建议。包括：适当分散股权集中度；完善独立董事会制度；适度提高高管持股比例；完善董事会决策职能；完善监事会监督职能。以期提高其财务绩效，降低商业银行风险水平。