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鸭肠炎病毒(Duck enteritis virus,DEV)又称鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV),是危害养鸭业健康发展的重要病原之一。目前,国内外学者对DEV开展多方面深入研究,取得了诸多进展,但主要集中在病毒的形态结构、基因组学及蛋白质组学等方面,很少涉及到宿主抗病毒感染的转录组学、蛋白质组学及代谢组学上,致使DEV致病机理尚未完全清楚。转录组学是从RNA水平研究某一特定组织或细胞的基因转录情况和转录调控规律,是研究基因组遗传信息与蛋白质生物功能的重要纽带。RNA-Seq作为第二代高通量测序方法,具有单次运行产出序列量大、测序准确性高、测序的通量高、运行成本低、灵敏度高等特点,已广泛应用于疾病发生发展机制研究及相关功能基因筛选。为此,本研究通过RNA-Seq技术对DEV感染鸭的脾脏组织转录组进行测序分析,开展鸭抗DEV感染的主要免疫基因筛选,以期为阐明DEV致病机理和鸭抗病毒机制提供基础资料。选取健康雏鸭30只,随机分为3组(2个试验组和1个对照组),隔离饲养至50 d时腿部肌肉接种不同滴度DEV,于接种后66 h、90 h和114 h,捕杀试验鸭,采集脾脏组织,提取组织RNA,通过高通量测序技术进行转录组测序,筛选差异表达基因,GO与KEGG数据库进行分析,荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证,结果如下:当DEV接种剂量为病毒原液(100× TCID50)时,鸭脾脏在接种66 h、90 h和114 h时的差异表达基因相应有534、685和580个,主要富集在免疫反应、补体激活、细胞粘附、翻译、抗原肽-MHC Ⅱ类分子复合物加工递呈等生物学过程,以及ECM受体互作、细胞粘附分子、核糖体、吞噬体、肠道免疫网络IgA产生等信号通路。其中与免疫相关的差异表达基因相应有70、64和66个。当DEV接种剂量为100倍稀释液(10-2× TCID50)时,鸭脾脏在接种66 h、90 h和114 h时的差异表达基因相应有511、485和531个,主要富集在氧运输、抗原肽-MHC Ⅱ类分子复合物加工递呈、免疫反应、补体激活、细胞粘附等生物学过程,以及ECM受体互作、核糖体、细胞粘附分子、吞噬体、肠道免疫网络IgA产生、细胞因子-细胞因子受体互作等信号通路。其中与免疫相关的差异表达基因相应有54、80和59个。对持续上调或下调的免疫相关差异表达基因进行基因共表达分析,发现上述两种不同接种剂量所激发的主要免疫相关基因相应有47和28个;应用荧光定量PCR对其中9个差异表达基因进行验证,结果显示其相对表达量与RNA-Seq测序结果基本一致。上述研究结果提示,不同滴度DEV刺激,可从鸭脾脏组织中获得不同主要免疫相关基因,其中LAMA3基因表达持续上调,高共表达能力值的CD34和CYR61基因持续下调。脾脏组织在DEV感染过程中调控复杂的生物学过程、代谢途径及信号通路。差异表达免疫相关基因主要参与免疫反应、补体激活、细胞粘附等生物学过程。这为进一步阐明DEV感染机理和机体免疫应答机制提供了基础资料。