随着经济的飞速发展,长江三角洲地区的环境问题日益突出,其中直接关系到民生问题的饮用水源污染治理已经到了刻不容缓的地步。相对于物理、化学修复法,生物修复法,尤其是微生物修复法在水源水体治理中具有成本低廉、可持续性、标本兼治等诸多优点,而该区域特有的水文环境使微生物原位水体修复面临着许多瓶颈。本研究围绕治理长三角地区的水源水体污染的主题开展了研究,获得了如下结果:（1）功能菌株的筛选及复合菌群的构建复合菌群的菌株分离自各地监测分析的水样,采用等体积比接种培养。菌株的分离筛选采用传统方法,包括功能菌株驯化、紫外诱变、耐酸性驯化等,获得了3株耐酸性反硝化菌株,它们在硝酸盐起始浓度低于20mg L^-1、pH6.5-7的水体环境下脱氮效果可达70%以上。（2）反应器结构设计运行设计了利用复合菌群进行水源水体治理的强化反应器,考虑了水力负荷对于微生物处理的影响,结合生物强化技术,使原位微生物以及外源的脱氮除磷细菌在高水流冲击下成功定殖、增殖并形成生物膜,对总氮、总磷及叶绿素a的去除量分别高达50%、70%和80%。（3）工程菌的构建以及运用为降低水体中较稳定的硝态氮,成功构建了含有Aeromonas hydrophila内周质硝酸盐还原酶催化亚基napA基因序列的工程菌株pET-28a-napA-E.coli BL 21MZQ-MH01。该菌株保持了原野生菌株耐酸性驯化后在pH6.5-7.0硝酸盐还原反应速率达到最快的特点。随后应用工程菌株MZQ-MH01的包埋小球进行水源水体治理,优化后的包埋小球制作参数为海藻酸钠含量11.34%,碳酸钙含量4.83%,工程菌包埋量63.59%,注射器滴速控制在40滴/min。经包埋小球处理后的水体得到进一步修复,系统最终出水中总氮、氨氮、高锰酸钾指数等都达到GB3838-2002中规定的Ⅲ类水标准。