自2000年以来全国各地级市州的专科学校纷纷升格为本科院校,按照中国教育科学研究院2013年11月颁布的《地方本科院校转型发展研究报告》,国内现有地方新建本科院校646所,随着地方新建本科院校规模的不断扩大,其原有的内部治理模式体现出越来越多的弊端,各学校均开始进行大学内部治理改革。积极寻找自身治理漏洞来建立科学的运行机制与合理的治理结构,以促使高校能够适应未来不断变化的市场环境实现良性发展,已经变成当前新建本科高校亟待解决的问题。铜仁学院作为我国地方新建本科高校中的一员,也开始设立二级学院,开始着手内部治理改革。与大多数高校一样,学校开始照搬国内外老牌本科院校的管理模式,但在教育深化改革的今天,由于中国高校领导体制的特殊性,国外的研究成果要在国内的高校进行实践及运用,还需要作适应中国特色社会主义办学指导思想的修改和调整,不能完全借鉴。另外,由于国内多样化的高校层次和类型,以学院制为重心的内部治理结构及运行机制,在各种层次和类型的高校实施情况有所不同。现有的研究基本上是基于老牌的本科院校（研究型综合大学）,而地方新建本科院校由于其自身的属性也不能照搬老牌本科院校的模式,学界关于地方新建本科院校这一类高校的内部治理的研究也几乎是空白;目前,国家的大政策,将引导这些地方新建本科院校向应用型转型,因此,此类高校,如何建立高效的内部治理结构及运行机制将是学校研究的一个重要方向。本文采用文献研究法、案例研究法、历史研究法以及比较研究法,以铜仁学院实施内部治理改革的内部治理理念、内部治理结构及制度为研究基础和起点,对其运行机制进行研究。铜仁学院在实施内部治理改革后,形成了三级内部治理组织机构,分为校级、学院级、系部级,构建以学校为决策中心、学院为管理中心、系为质量中心的“三中心”的治理机构及其运行机制。运行机制是大学内部各因素之间互相作用的机制,本文中把铜仁学院运行机制分为“以校党委领导下的校长负责制为核心的自上而下决策机制”、“学院层面的自主管理机制”、“内部权力的监督制约机制”、“注重绩效的目标管理机制”四个方面进行撰写。在实施校院系三级治理改革后,铜仁学院依靠合理的治理结构与规范的运行机制提高了办学效果和整体办学质量、推动了学校教学、科研及社会服务的全方面提升,同时也相应产生诸如学校权力的下放不够坚决,权力配置不够均衡,权责对应不够清晰,权力冲突时有发生,学院自主权缺乏等问题。本文总结了这些经验教训,再结合当前我国发达地区地方本科院校内部治理的成功经验基础上对铜仁学院的内部治理提出改进和完善意见。