文昌鱼作为脊索动物门头索动物亚门幸存物种，在我国主要分布在厦门、青岛等少数海域，被国家列为二级濒危保护动物，有重大的学术价值和一定的经济价值。因此，有必要对它的遗传背景进行详细的了解，为制定有效的保护措施提供科学的依据。本实验首次采用随机扩增多态DNA（Random Amplified Polymorphic DNA，RAPD）技术对青岛文昌鱼该群体雌雄各11条个体共22个样本进行遗传多样性检测。 提取文昌鱼基因组DNA后经过预备性实验，优化PCR扩增反应条件，确定PCR反应参数。从40个10bp的寡聚核苷酸随机引物（OPC、OPA各20个）中筛选出17个扩增重复性好，条带清晰、特异性强、数量丰富的引物，对每个个体基因组DNA进行了扩增。得到RAPD产物的分子量在200-2200bp之间，产物总计127条谱带。其中，多态位点60个（占47.24％），单态位点67个（占52.76％）。各引物检测到的RAPD位点数在4-11之间。计算其个体间遗传相似系数平均为0.8656，遗传距离平均为0.1344。平均杂合度为0.1165。表明青岛文昌鱼群体遗传多样性水平较低。在文昌鱼雌雄个体RAPD产物中，2个电泳图谱上均能读出明显的雌雄差异带。记录为OPC-07₂₅₀和OPC-12₂₅₀。估计可能与雄性文昌鱼具有异型性染色体有关。这与XY型性别决定机制相吻合。将11条文昌鱼雌性个体和11条文昌鱼雄性个体分别作为两个群体来研究。进一步筛选出11个引物对雌雄群体混合DNA样本进行扩增。结果表明：在个体间具有多态性的引物应用于雌雄群体混合DNA样本仍具有显著的多态性，且与个体间的多态性呈正相关。本实验为文昌鱼的研究和保护提供了分子水平的参考。