七鳃鳗隶属脊椎动物亚门，圆口纲，七鳃鳗目，七鳃鳗科，七鳃鳗属，是迄今为止所知道的海洋生物中最原始的无颌脊椎动物，与寒武纪晚期底栖的甲胄鱼类有共同的祖先，是名副其实的“活化石”。七鳃鳗不仅是研究脊椎动物起源与进化的关键物种，同时也是研究脊椎动物胚胎发育、器官分化的最佳模型。近年来对七鳃鳗的研究已经逐步从形态结构、生态分布等方面，转向基因组学和转录组学方面。本研究分别以日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏和外周血为材料构建非标准化cDNA文库，在文库中随机挑选克隆子进行5’端测序，分别得到10077（肝脏）条和12089（血液）条有效的ESTs(Expressed Sequence Tags)序列。通过将日本七鳃鳗EST序列与海七鳃鳗全基因组序列进行比对，大部分EST序列均获得了高相似度的基因组锚定。通过比较转录组学分析发现，日本七鳃鳗肝脏表达基因多与凝血、蛋白合成与降解以及氧化还原功能相关，这与肝脏具有的解毒和凝血功能，以及肩负的一线免疫防御功能密切相关。而血液表达基因则显著富集于细胞粘着和通讯功能，这可能与类淋巴细胞的免疫防御功能相关。另外，肝脏组织表达的多个基因与多种人类疾病相关的通路，如阿尔茨海默症、帕金森症、亨廷顿氏舞蹈症以及心血管相关的疾病的相关基因有极高的相似性，为深入研究这些疾病的发病机制以及药物研发提供了候选材料。综上所述，基于血液和肝脏组织EST序列开展的日本七鳃鳗和海七鳃鳗两个近缘物种的比较转录组学分析，为发现新基因和探究基因组的起源进化以及进一步开展功能基因资源的挖掘和开发提供了理论支持和实践途径。