学术是大学的生命，学术自由是学术的生命，大学学术繁荣的前提是大学拥有充分的学术自由。回顾世界一流大学崛起的历史，其今天的成就无不得益于独具学术自由精神的大学理念和历史沉积而成的良善的现代大学制度，它们以自由为魂，以学术为业，以理念为先，以规律为本，标榜大学学术自由之精神，敢为天下先，故而问鼎世界，执世界大学之牛耳。故在考察与发掘学术自由从理念固化为大学制度的历史过程，梳理学术自由历经数百年的传承与发展、革故与鼎新的历史性变革的基础上，着眼现阶段国家层面高等教育理论学术前沿及管理实践，鲜明地提出：弘扬学术自由精神，完善现代大学制度是高等教育质量提升和内涵式发展的核心价值追求与根本制度保障。也是破解制约我国现阶段大师级杰出人才脱颖而出的核心瓶颈的重要举措。本文对“学术自由”与“现代大学制度”的概念进行了分析，提出了学术自由的双重属性：学术行为自由与学术思想自由，前者是学术自由的表现形式，后者是学术自由的内在本质，二者互为表里；现代大学制度作为一种行为规范，与学术自由行为相匹配。并运用“理性化”理论引入学术自由与现代大学制度的分析之中并提出：学术自由在“理性化”的过程中，不断提升制度化水平，用制度维护学术自由，但是在本质上却与精神层面的学术自由相异，这就引发了现代大学制度与学术自由的适用性与超越性的矛盾。笔者在广泛涉猎研读教育学、哲学、社会学、经济学等领域文献的基础上，本着论从史出的基本原则，梳理论证了学术自由思想与行为沿着理念与制度双重理性化的规律变迁的过程。其中学术自由显现出内涵的发展性，属性的双重性以及维护方式的多样性的基本特征。然而，双方在适用范围、形成的逻辑关系、遵循的价值等三个方面各不相同，这既是现代大学制度之于学术思想自由的局限性之表现，也成为局限性的原因。为了突破这一局限，研究进一步分析概括了学术自由在时间与状态的超越性。并从学术自由思想培养和建立以学术自由为导向的现代大学制度作为解决这一问题的措施，从思想和实践两个层面提出对策建议。