在创新全球化的背景下,创新作为国家经济增长的内生驱动作用将不断增强,创新能力日益成为衡量国家竞争力的重要组成部分。然而在不同国家以及不同的经济发展阶段,各国的创新效率和创新能力存在差异,仅仅依靠盲目地增加创新投入,并不能带来创新产出同比例的增加。因此,有效的测算各国的创新效率,研究其在全球创新体系中的地位,对各国的创新能力建设具有一定的现实意义。本文选择38个国家作为样本,以创新效率理论为基础,研究各国2000-2010年期间的创新效率差异。首先,本文构建了创新两阶段的理论模型,引入创新中间产出,将创新过程分为研发和转化两阶段。其次,利用经济学假设检验构建合适的生产函数,运用基于随机前沿的距离函数方法测算创新两阶段的效率。最后,本文运用Battese, Coelli (1995)模型对创新效率影响因素人均GDP进行单因素分析,依据分析结果将人均GDP作为国家划分标准,比较不同收入水平国家研发投入要素的产出弹性差异、创新两阶段效率差异以及变化趋势。实证结果表明,人均GDP对研发和转化过程效率的影响各不同,且对研发过程效率的影响更大。不同国家研发投入要素的产出弹性存在差异。其中,高收入国家的研发人员产出弹性普遍大于中等收入国家,而研发资金产出弹性却低于中等收入国家。不同国家的创新效率存在差异,总体上,研发效率高于转化效率。其中,高收入国家的研发效率高于中等收入国家,但转化效率却低于中等收入国家。两者的创新效率变化趋势也不尽相同。在研究期内,高收入国家的研发效率几乎没有增长,而中等收入国家研发效率有较大的提升,尤其是中国和印度；但在转化效率方面两者都出现不同程度的下降趋势。