用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)和蛋白质芯片的生物信息学分析技术寻找大肠癌和其他大肠良性疾病诊断的新标记物。方法收集52例大肠癌和27例大肠良性疾病患者及21例健康人的血清标本，用WCX2蛋白芯片和SELDI-TOF-MS检测其蛋白质谱的表达。并运用CiphergenProteinChipsoftware5.1软件判别分析处理数据和筛选标志物，以建立诊断模型。结果3个蛋白质峰[12087.4、22603.2、13021.5质荷比(m/z)]组合构建的诊断模型Ⅰ鉴别大肠癌和正常人的交叉验证准确率为82.19％(60/73)，敏感性为80.77％(42/52)，特异性为85.71％(18/21)。3个蛋白质峰[17572.8、15573、18017.3质荷比(m/z)]组合构建诊断模型Ⅱ鉴别大肠癌和大肠良性疾病的交叉验证准确率为87.34％(69/79)，敏感性为86.54％(45/52)，特异性为88.89％(24/27)。3个蛋白质峰[15361、17389.7、14501.8质荷比(m/z)]组合构建诊断模型Ⅲ鉴别大肠良性疾病和健康人的交叉验证准确率为91.67％(44/48)，敏感性为92.59％(25/27)，特异性为90.48％(19/21)。把大肠癌组中17例直肠和35例结肠癌患者血清分别与大肠良性疾病患者和正常人的血清分别加以比较：2个蛋白质峰(11357.7、14814.2m/z)组合构建诊断模型鉴别直肠癌和大肠良性疾病的交叉验证准确率为75.00％(33/44)，2个蛋白质峰(11687.4、13172.1m/z)组合构建诊断模型鉴别直肠癌患者和正常人的交叉验证准确率为86.84％(33/38)，2个蛋白质峰(11357.7、31755.9m/z)组合构建诊断模型鉴别结肠癌患者和大肠良性疾病的交叉验证准确率为77.42％(48/62)，3个蛋白质峰(12087.4、16360.1、13172.1m/z)组合构建诊断模型鉴别结肠癌患者和正常人的交叉验证准确率为82.14％(46/56)。2个蛋白质峰(16169.5、13486.7m/z)组合构建诊断模型Ⅳ鉴别A期和BC期大肠癌患者的交叉验证的准确率82.61％(38/46)，4个蛋白质峰(35952.4、13683.8、17246.8、44016.3m/z)组合构建诊断模型Ⅴ鉴别A、B期和C期大肠癌患者的建模时准确率与交叉验证后准确率相同为89.13％(41/46)。 结论用SELDI-TOF-MS技术平台在大肠癌的诊断尤其是早期诊断具有一定的价值，并且在区分大肠癌和其他大肠良性疾病上初步建立血清蛋白差异表达模型，为寻找大肠癌中新的肿瘤标志物进行蛋白质组学研究开辟了一条新的途径。